Панканцерный анализ полных геномов
Pan-cancer analysis of whole genomes
2020-02-05
SCID: 54.1/vvznzvet
Discuss with AI
ХромотрипсисПанканцерный анализСоматические мутацииСтруктурные вариантыПолные геномы опухолей
Figures from the paper
Abstract (AI)
Развитие рака обусловлено генетическими изменениями, а появление методов массивного параллельного секвенирования позволило систематически документировать эту вариабельность на уровне полного генома 1–3. В настоящей работе представлен интегративный анализ 2 658 полных геномов опухолей и соответствующих нормальных тканей для 38 типов опухолей, выполненный Консорциумом по панканцерному анализу полных геномов (PCAWG) Международного консорциума по геному рака (ICGC) и проекта The Cancer Genome Atlas (TCGA). Описано создание ресурса PCAWG, ставшее возможным благодаря международному обмену данными с использованием облачных вычислительных ресурсов. В среднем геномы опухолей содержали 4–5 драйверных мутаций при учёте кодирующих и некодирующих геномных элементов; однако примерно в 5% случаев драйверы выявить не удалось, что указывает на незавершённость поиска драйверов рака. Хромотрипсис, при котором множество кластеризованных структурных вариантов возникает в результате единственного катастрофического события, часто является ранним событием эволюции опухоли; например, при акральной меланоме такие события предшествуют большинству соматических точечных мутаций и одновременно затрагивают несколько генов, ассоциированных с раком. Опухоли с нарушенным поддержанием теломер часто происходят из тканей с низкой пролиферативной активностью и используют несколько механизмов, препятствующих укорочению теломер до критического уровня. Распространённые и редкие герминальные варианты влияют на закономерности соматического мутагенеза, включая точечные мутации, структурные варианты и соматическую ретротранспозицию. Серия публикаций Консорциума PCAWG описывает некодирующие мутации, способствующие развитию рака, помимо мутаций в промоторе TERT 4; выявляет новые сигнатуры мутационных процессов, вызывающих замены оснований, небольшие вставки и делеции, а также структурные варианты 5,6; анализирует сроки и закономерности эволюции опухолей 7; описывает разнообразные транскрипционные последствия соматических мутаций для сплайсинга, уровней экспрессии, генов слияния и активности промоторов 8,9; и оценивает ряд более специализированных характеристик геномов опухолей 8,10–18.
Key Findings
1
В геномах опухолей в среднем обнаруживали 4–5 драйверных мутаций с учетом кодирующих и некодирующих элементов, однако примерно в 5% случаев драйверы не были выявлены.
2
Хромотрипсис часто происходил на ранних этапах эволюции опухоли; при акральной меланоме эти события предшествовали большинству соматических точечных мутаций и одновременно затрагивали несколько генов, связанных с раком.
3
Распространенные и редкие герминальные варианты влияли на паттерны соматических мутаций, включая точечные мутации, структурные варианты и соматическую ретротранспозицию.
4
Анализы PCAWG выявили вызывающие рак некодирующие мутации, выходящие за пределы изменений промотора TERT, а также новые сигнатуры мутационных процессов и транскрипционные последствия соматических мутаций.
5
Консорциум PCAWG проанализировал 2 658 пар цельногеномных последовательностей опухоли и соответствующей нормальной ткани для 38 типов рака, используя международные вычислительные ресурсы.
6
Опухоли с нарушенным поддержанием теломер часто возникали в тканях с низкой пролиферативной активностью и использовали несколько механизмов предотвращения критического укорочения теломер.
Research Object
2 658 полногеномных последовательностей раковых опухолей и соответствующие им нормальные ткани 38 типов опухолей
Research Subject
Геномные изменения, мутационные процессы, драйверные мутации, эволюция опухолей и транскрипционные последствия, лежащие в основе развития рака
Publication Details
Publication Date
2020-02-05
Journal
Publisher
ISSN
Open access PDF
Access Type
Author Information
Download PDF
Subscribe to digest