Характеристика новых локусов miniSTR для содействия анализу деградированной ДНК

Ряд исследований показал, что успешность анализа деградированных образцов ДНК, полученных в результате массовых катастроф или из вещественных доказательств, повышается при использовании более коротких продуктов полимеразной цепной реакции (ПЦР). Мы изучили литературу в поисках новых локусов коротких тандемных повторов (STR), не сцепленных с маркерами CODIS, которые позволяют получать ампликоны длиной менее 125 п.н. и поэтому могут быть полезны при исследовании деградированных образцов ДНК. Были разработаны и протестированы новые праймеры ПЦР для локусов STR D1S1677, D2S441, D4S2364, D10S1248, D14S1434 и D22S1045, объединённых в две триплексные системы miniSTR. Все локусы продемонстрировали умеренную степень полиморфизма среди 474 протестированных образцов американской популяции и были надёжными и чувствительными при использовании как минимум 100 пг матричной ДНК в контролируемых лабораторных условиях и с высококачественными образцами ДНК. Практическая ценность этих новых локусов была подтверждена сравнением эффективности анализов miniSTR при типировании деградированных образцов костной ткани; при использовании коммерческого набора STR для большинства образцов наблюдались лишь частичные профили.