PANTHER, версия 6: данные об эволюции белковых последовательностей и функций с расширенным представлением биологических путей

PANTHER — это свободно доступная комплексная программная система, предназначенная для сопоставления эволюции белковых последовательностей с эволюцией специфических функций белков и их биологических ролей. С 2005 года в PANTHER были внесены три основных усовершенствования. Во-первых, последовательности, используемые для построения эволюционных деревьев, тщательно отбираются для обеспечения охвата как филогенетической, так и функциональной информации. Во-вторых, PANTHER стал членом консорциума InterPro, а скрытые марковские модели PANTHER (HMM) распространяются в составе InterProScan. В-третьих, было значительно увеличено число путей, связанных с подсемействами в PANTHER. Пути обеспечивают детализированное структурированное представление функции белка в контексте биологических сетей реакций. Пути PANTHER были созданы с использованием развивающегося стандарта языка разметки системной биологии (SBML) и программного обеспечения для редактирования сетей путей CellDesigner. В настоящее время коллекция путей содержит приблизительно 1500 реакций, объединённых в 130 путей; их курируют эксперты-биологи с указанием авторства. Среда курирования разработана с учётом удобства использования, и число путей постоянно увеличивается. Поскольку участники реакций связаны с подсемействами и соответствующими HMM, реакции можно выводить для множества различных организмов. HMM можно загрузить по FTP, а инструменты для анализа данных в контексте путей и функциональных онтологий доступны по адресу http://www.pantherdb.org.