Высокопроизводительная функциональная аннотация и интеллектуальный анализ данных с помощью комплекса Blast2GO

Технологии функциональной геномики широко применяются в биологических исследованиях модельных и немодельных видов. Эффективная функциональная аннотация последовательностей ДНК или белков является важнейшим условием успешного применения этих подходов, поскольку функциональная информация о генетических продуктах часто служит ключом к интерпретации экспериментальных результатов. Поэтому возрастает потребность в биоинформатических ресурсах, способных обрабатывать большие объёмы последовательностных данных, получать информативные результаты аннотации и быть легко доступными для лабораторий, в которых выполняются проекты по функциональной геномике. Мы представляем комплекс Blast2GO как интегрированное, ориентированное на биологов решение для высокопроизводительной автоматической функциональной аннотации последовательностей ДНК или белков на основе словаря Gene Ontology (GO, генной онтологии). Наиболее важными особенностями Blast2GO являются: (i) сочетание различных стратегий и инструментов аннотации с возможностью контролировать её тип и интенсивность; (ii) многочисленные графические средства, такие как интерактивная визуализация графа Gene Ontology для функционального профилирования наборов генов и описательные диаграммы; (iii) общие средства управления последовательностями; и (iv) возможности высокопроизводительной обработки данных. Мы использовали платформу Blast2GO для подробного анализа характера аннотации при переносе гомологии и её влияния на исследования в области функциональной геномики. Наша цель — предоставить биологам полезную информацию, которую следует учитывать при решении задачи функциональной характеристики данных о последовательностях.