Панель CompTox Chemistry Dashboard: общественный ресурс данных по химии окружающей среды

Несмотря на большое количество онлайн-баз данных, предоставляющих доступ к химическим данным, растет потребность в высококачественных открытых данных с курированными химическими структурами для удовлетворения различных потребностей сообществ специалистов в области наук об окружающей среде и вычислительной токсикологии. Веб-платформа Агентства по охране окружающей среды США (EPA) CompTox Chemistry Dashboard удовлетворяет эти потребности, интегрируя разнообразные типы релевантных предметных данных посредством хемоинформатического слоя, построенного на базе данных курированных веществ, связанных с химическими структурами. Эти данные включают физико-химические характеристики, сведения о судьбе и переносе веществ в окружающей среде, воздействии, использовании, токсичности in vivo и данных биотестирования in vitro; они представлены через интеграционный узел со ссылками на дополнительные данные EPA и общедоступные онлайн-ресурсы. Пакетный поиск позволяет напрямую сопоставлять химические идентификаторы (ID) и загружать несколько потоков данных в различных форматах. Это обеспечивает быстрый доступ к доступным данным о структурах, свойствах, токсичности и биотестировании для наборов химических веществ — от нескольких сотен до нескольких тысяч за один раз. Расширенные возможности поиска поддерживают, например, неизбирательный анализ и идентификацию химических веществ с использованием масс-спектрометрии. Содержимое химической базы данных, в настоящее время включающей около 760 000 веществ, доступно для загрузки как данные общественного достояния. Химическое содержимое, лежащее в основе Dashboard, на протяжении последних 15 лет агрегировалось в рамках проекта EPA DSSTox с использованием ручного и автоматизированного курирования. Химическое содержимое DSSTox подвергается строгому контролю качества, обеспечивающему согласованность идентификаторов химических веществ и их структур, а также проверке курирования списков для гарантии точного связывания веществ DSSTox с химическими списками и связанными данными. После публичного запуска в апреле 2016 года содержание Dashboard и посещаемость пользователями значительно расширились за последний год. Платформа непрерывно развивается по мере расширения DSSTox в направлениях, представляющих высокий интерес или характеризующихся богатством данных и представляющих интерес для EPA, таких как...