Субтипирование плоскоклеточного рака пищевода в странах Африки к югу от Сахары на основе комплексного молекулярного анализа

Плоскоклеточный рак пищевода (ESCC) является эндемичным заболеванием в регионах Африки к югу от Сахары (SSA), где он занимает третье место по распространенности среди злокачественных новообразований. В настоящем исследовании представлены результаты полногеномного секвенирования экзома опухолевой и нормальной тканей, а также транскриптомного анализа РНК у 59 пациентов с ESCC в Малави. Мы выявили генетические аномалии, сходные с описанными в азиатских и североамериканских когортах, включая мутации TP53, CDKN2A, NFE2L2, CHEK2, NOTCH1, FAT1 и FBXW7. Анализ последовательностей нечеловеческого происхождения не выявил признаков инфекции вирусом папилломы человека (HPV) или другими скрытыми патогенами. Анализ мутационных сигнатур выявил распространенные сигнатуры, связанные со старением и активностью цитидиндезаминаз (APOBEC), а также третью сигнатуру неустановленного происхождения; при этом сигнатуры, ассоциированные с вдыханием табачного дыма, афлатоксином и нарушением репарации неспаренных оснований, практически отсутствовали. На основании анализа экспрессии РНК ESCC можно было разделить на 3 distinct субтипа, различавшихся по экспрессии транскриптов, связанных с клеточным циклом и нервной тканью. Это исследование демонстрирует наличие отдельных субтипов ESCC в SSA и предполагает, что эндемичность данного заболевания обусловлена воздействием канцерогена, отличного от табака и онкогенных вирусов.