Primer3 — новые возможности и интерфейсы

Полимеразная цепная реакция (ПЦР) представляет собой базовый метод молекулярной биологии, имеющий множество применений, включая клонирование и секвенирование дезоксирибонуклеиновой кислоты, функциональный анализ генов, диагностику заболеваний, генотипирование и выявление генетических вариантов. Надёжный дизайн праймеров имеет решающее значение для успешного проведения ПЦР, и на протяжении более десяти лет программное обеспечение с открытым исходным кодом Primer3 широко используется для дизайна праймеров, часто в задачах высокопроизводительной геномики. Оно также было интегрировано во множество общедоступных программных пакетов и веб-сервисов. За этот период функциональность Primer3 была значительно расширена. В этой статье описываются текущие возможности Primer3 с акцентом на последние усовершенствования. Наиболее существенные улучшения включают использование более точных термодинамических моделей в процессе дизайна праймеров, что позволяет повысить точность прогнозирования температуры плавления и снизить вероятность образования праймерами шпилек или димеров. Дополнительные улучшения включают более точный контроль положения праймеров — изменение, частично обусловленное возможностью использовать полногеномные последовательности для повышения специфичности праймеров. Также были добавлены функции, упрощающие работу с программой, включая возможность сохранять и повторно использовать наборы параметров, а также требовать, чтобы отдельные праймеры не использовались более чем в одной паре праймеров. Ядро программы стало более модульным, а программные интерфейсы были переработаны для дальнейшего упрощения интеграции с другим программным обеспечением. Эти усовершенствования создают основу для дальнейшего использования Primer3 с данными геномного масштаба в предстоящем десятилетии.