Ультрабыстрое и экономящее память выравнивание коротких последовательностей ДНК на геном человека

Bowtie — это ультрабыстрая и экономящая память программа для выравнивания коротких чтений последовательностей ДНК по большим геномам. Для генома человека индексирование по алгоритму Барроуза–Уилера позволяет Bowtie выравнивать более 25 миллионов чтений за один CPU-час при объеме оперативной памяти примерно 1,3 гигабайта. Bowtie расширяет предыдущие методы на основе Барроуза–Уилера за счёт нового учитывающего качество алгоритма обратного трекинга, позволяющего допускать несовпадения. Для достижения ещё большей скорости выравнивания можно одновременно использовать несколько процессорных ядер. Bowtie является программой с открытым исходным кодом.