Ландшафт резервуара HIV-1 у персистентных и транзиторных элитных контролёров

Введение: Персистентные контролёры (PCs) сохраняют контроль над HIV-1 без антиретровирусной терапии (АРТ) бесконечно долго, тогда как транзиторные контролёры (TCs) в конечном итоге теряют вирологический контроль. Необходимо охарактеризовать качество резервуара HIV с учётом этих фенотипов, чтобы выявить факторы, приводящие к прогрессированию ВИЧ, и открыть новые пути к излечению. Методы: Резервуар HIV-1 в периферических мононуклеарных клетках крови был охарактеризован с помощью методов секвенирования следующего поколения, включая полногеномное индивидуальное секвенирование провирусов и сопоставленное секвенирование сайтов интеграции провирусов (FLIP-Seq; MIP-Seq). Результаты: У PCs и TCs, до потери вирологического контроля, наблюдалось значительно меньшее количество общих, интактных и дефектных провирусов по сравнению с участниками на АРТ. Между PCs и TCs не было различий по общему и дефектному числу провирусов. Однако уровни интактных провирусов были ниже у PCs, чем у TCs; соответственно, соотношение интактный/дефектный HIV-ДНК было значительно выше у TCs. Клонально экспандированные интактные провирусы обнаружены только у PCs и локализовались в центромерной спутниковой ДНК или в генах цинковых пальцев, что связано с признаками гетерохроматина. В отличие от этого, отобранные интактные провирусы у TCs локализовались в разрешающих генных эухроматиновых позициях. Выводы: Эти результаты обосновывают необходимость и могут направлять будущие исследования по выявлению отличительного провирального ландшафта, который может быть связан с персистентным контролем HIV-1 без АРТ. Финансирование: Instituto de Salud Carlos III (FI17/00186, FI19/00083, MV20/00057, PI18/01532, PI19/01127, PI22/01796), стипендии Gilead (GLD22/00147), гранты NIH AI155171, AI116228, AI078799, HL134539, DA047034, MH134823, amfAR ARCHE и Фонд Билла и Мелинды Гейтс.