Новые представления о разнообразии транспонируемых элементов у млекопитающих на основе аннотирования 248 сборок геномов
Insights into mammalian TE diversity through the curation of 248 genome assemblies
2023-04-27
SCID: 54.1/634k3rkv
Discuss with AI
инвазии ДНК-транспозоновкурация TE de novoдлинные интерсперсированные элементыгеномы плацентарных млекопитающихтранспонируемые элементы
Figures from the paper
Abstract (AI)
Мы исследовали содержание транспонируемых элементов (ТЭ) в 248 сборках геномов плацентарных млекопитающих, что представляет собой крупнейший на сегодняшний день проект de novo-аннотирования ТЭ у эукариот. Мы обнаружили, что, хотя млекопитающие сходны по общему содержанию и разнообразию ТЭ, они существенно различаются по интенсивности недавнего накопления ТЭ. Это включает многочисленные недавние события расширения и затишья в различных ветвях эволюционного древа млекопитающих. Молодые ТЭ, особенно длинные диспергированные элементы, обусловливают увеличение размера генома, тогда как ДНК-транспозоны связаны с меньшими геномами. Млекопитающие, как правило, накапливают лишь несколько типов ТЭ в каждый конкретный период, причем один тип ТЭ доминирует. Мы также выявили связь между пищевыми привычками и присутствием инвазий ДНК-транспозонов. Эти подробные аннотации послужат эталоном для будущих сравнительных анализов ТЭ у плацентарных млекопитающих.
Key Findings
1
Млекопитающие в целом сходны по общему содержанию и разнообразию транспонируемых элементов, но существенно различаются по недавнему накоплению ТЭ, включая множественные события расширения и периодов неактивности.
2
Млекопитающие обычно накапливают лишь несколько типов ТЭ одновременно, причем один тип становится доминирующим.
3
Присутствие инвазий ДНК-транспозонов связано с особенностями питания, а созданные аннотации служат эталоном для сравнительного анализа ТЭ у плацентарных млекопитающих.
4
Исследование стало крупнейшей на сегодняшний день de novo-курацией транспонируемых элементов у эукариот и охватило 248 геномных сборок плацентарных млекопитающих.
5
Молодые ТЭ, особенно длинные интерсперсированные элементы, способствуют увеличению размера генома, тогда как ДНК-транспозоны связаны с меньшими геномами.
Research Object
Содержание и динамика транспонируемых элементов в 248 сборках геномов плацентарных млекопитающих
Research Subject
Сравнительные закономерности недавнего накопления, экспансии и затишья транспонируемых элементов, включая их взаимосвязи с размером генома и пищевыми привычками
Publication Details
Publication Date
2023-04-27
Journal
Publisher
ISSN
Cited by
127
Open access PDF
Access Type
Author Information
Download PDF
Subscribe to digest