Карта иммунной системы здорового человека в разрезе отдельных клеток по всему жизненному циклу выявляет уникальные иммунные сигнатуры у младенцев

Иммунная система человека претерпевает непрерывную перестройку от младенчества до старости, однако сроки и траектории этих изменений в ходе жизни остаются слабо определёнными. Для исследования этого мы профилировали мононуклеарные клетки периферической крови у 95 здоровых людей (возраст от 2 месяцев до 88 лет), включая младенцев (n = 27), детей (n = 23), взрослых (n = 18) и пожилых взрослых (n = 27) с использованием одно-клеточного секвенирования РНК (scRNA-seq) и одноядерного ATAC-секвенирования (snATAC-seq). Мукозоассоциированные инвариантные T-клетки (MAIT) и γδ T-клетки демонстрировали «подъём и спад»: они увеличиваются в детстве, достигают пика в молодом возрасте и снижаются с возрастом. CD8+ T-клетки оказались наиболее подвержены старению: уменьшается доля наивных T-клеток и увеличиваются GzK+ CD8+ T-клетки и терминально дифференцированные эффекторные клетки памяти RA (TEMRA). У младенцев наблюдалось более низкое соотношение миелоидных и лимфоидных клеток и особый состав, характеризующийся повышенной частотой CD16+ моноцитов и плазмоцитоидных дендритных клеток и сниженной частотой CD14+ моноцитов и обычных дендритных клеток. Их адаптивный иммунный компартмент также имел уникальные черты, включая конститутивную экспрессию интерферон-стимулируемых генов в T- и B-клетках и расширенную популяцию SOX4+ в наивных CD4+, наивных CD8+ и γδ T-клетках, составляющую примерно 30% пула наивных T-клеток. SOX4+ наивные CD4+ T-клетки демонстрировали эпигенетическую сигнатуру Th2. Эта карта предоставляет важные сведения о динамике иммунной системы человека в течение жизни, подчёркивая уникальные особенности иммунитета младенцев.