edgeR: пакет Bioconductor для анализа дифференциальной экспрессии цифровых данных экспрессии генов

Ожидается, что развивающиеся технологии цифровой экспрессии генов (DGE) в ближайшем будущем превзойдут микрочиповые технологии во многих приложениях функциональной геномики. Одна из основных задач анализа данных, особенно в исследованиях экспрессии генов, заключается в установлении того, имеются ли доказательства того, что счётчики для транскрипта или экзона значительно различаются между экспериментальными условиями. edgeR — это пакет Bioconductor для анализа дифференциальной экспрессии реплицированных счётных данных. Для учёта как биологической, так и технической изменчивости используется перенасыщенная (overdispersed) пуассоновская модель. Эмпирические байесовские методы применяются для смягчения степени перенасыщения между транскриптами, что повышает надёжность выводов. Методология может использоваться даже при минимальном уровне репликации, при условии наличия как минимум одной реплицированной фенотипической или экспериментальной группы. Программное обеспечение может иметь и другие применения помимо данных секвенирования, например для счётных данных пептидов в протеоме. Пакет свободно доступен под лицензией LGPL на сайте Bioconductor (http://bioconductor.org).