Анализ гаплотипов генов TLR2 и TLR3 для прогноза COVID-19 в когорте профессионалов, работавших в первую волну пандемии в Белеме (Пара), Бразилия

Коронавирусное заболевание 2019 (COVID-19) — это мультисистемное заболевание, вызываемое SARS-CoV-2, которое может приводить к различным легочным поражениям в зависимости от иммунологического статуса индивида. Гаплотипы состоят из однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) в кандидатных генах, связанных с заболеваниями. TLR2 и TLR3 — гены, расположенные на хромосоме человека 4 (chr:4), и образуют гаплотип, влияющий на сигнальные пути иммунитета и воспаления. Целью данной работы было генетически проанализировать in silico когорту профессионалов из Белема (Пара) в период первой волны пандемии с использованием SNP rs3804100, rs3775290 и rs3775291 на человеческой chr:4. Исследование выполнено в формате вычислительной геномики с применением биоинформатического ПО и технологий машинного обучения на эпидемиологических данных секвенирования по Сэнгеру. По результатам, ни один из аллелей, образованных гаплотипом, не показал статистической значимости для симптоматики или тяжести заболевания. Гаплотипный блок между анализируемыми SNP не был значимым, несмотря на высокий уровень перестановок аллелей в начале вариабельности индивидуальных геномных данных. Таким образом, гаплотип TLR2–TLR3 (SNP rs3804100, rs3775290 и rs3775291) продемонстрировал незначительную роль в клическом течении COVID-19 у жителей Белема (Северная Бразилия), что может указывать на различия в коллективных генетических профилях и/или эпигенетических влияниях по сравнению с другими более пострадавшими популяциями с тем же гаплотипным рисунком.