Проблемы и перспективы анализа метапротеомных данных

В природе микроорганизмы обитают в сложных микробных сообществах. Исчерпывающие таксономические и функциональные сведения о микробных сообществах способствуют их применению в медицине и технике, например для диагностики по образцам кала, а также для эксплуатации биогазовых установок и очистных сооружений. Кроме того, микробные сообщества играют ключевую роль в глобальных циклах углерода и азота в почве и океане. Среди методов исследования микробных сообществ метапротеомика позволяет приблизительно оценивать активность микроорганизмов путем анализа белкового состава образца. Хотя метапротеомика является мощным методом, проблемы биоинформатической обработки препятствуют ее успешному применению. В частности, создание баз данных для идентификации белков, группировка избыточных белков, а также таксономическая и функциональная аннотация представляют собой серьезные задачи. Кроме того, увеличение объемов данных в рамках метапротеомного исследования требует специализированных алгоритмов и программного обеспечения. В этом обзоре обобщаются современные программные средства для метапротеомики и подробно рассматриваются указанные проблемы.