Статистическая модель идентификации белков методом тандемной масс-спектрометрии

Представлена статистическая модель для вычисления вероятностей наличия белков в образце на основе пептидов, сопоставленных с тандемными масс-спектрами (MS/MS), полученными после протеолитического гидролиза образца. Пептиды, соответствующие более чем одному белку в последовательностной базе данных, распределяются между всеми соответствующими белками, а минимальный список белков, достаточный для объяснения наблюдаемых пептидных сопоставлений, выводится с помощью алгоритма ожидания-максимизации. На примере сопоставлений пептидов со спектрами, полученных от образца 18 очищенных белков, а также на сложных образцах Haemophilus influenzae и Halobacterium показано, что модель даёт точные вероятности и обладает высокой мощностью различать правильные и ошибочные идентификации белков. Этот метод позволяет фильтровать крупномасштабные наборы данных протеомики с предсказуемой чувствительностью и уровнем ошибок ложноположительных идентификаций. Быстрая, последовательная и прозрачная, модель обеспечивает стандарт для публикации крупномасштабных наборов данных по идентификации белков в литературе и для сравнения результатов различных экспериментов.