Сборка генома и геопространственная филогеномика постельного клопа Cimex lectularius

Genome assembly and geospatial phylogenomics of the bed bug Cimex lectularius
Jeffrey Rosenfeld, Darryl Reeves, Mercer R. Brugler, Apurva Narechania, Sabrina Simon, R. Durrett, Jonathan Foox, Kevin V. Shianna, Michael C. Schatz, Jorge Gandara, Ebrahim Afshinnekoo, Ernest T. Lam, Alex Hastie, Saki Chan, Han Cao, Michael Saghbini, Alex Kentsis, Paul J. Planet, Vladyslav Kholodovych, Michael Tessler, Richard H. Baker, Rob DeSalle, Louis N. Sorkin, Sergios‐Orestis Kolokotronis, Mark E. Siddall, George Amato, Christopher E. Mason
2016-02-02

геном Cimex lectulariusРНК-секвенированиеэндосимбионт Wolbachiaсборка геномагеопространственная филогеномика
Постельный клоп (Cimex lectularius) на протяжении тысячелетий остается постоянным вредителем человека, однако генетические основы его базовой биологии и адаптации к условиям высокой плотности населения в городах в значительной степени неизвестны. В данной работе представлены сборка, аннотация и филогенетическое картирование генома Cimex lectularius размером 697,9 Мб с показателем N50, равным 971 кб, выполненные с использованием технологий секвенирования длинных и коротких прочтений. Временной ряд RNA-seq для всех пяти стадий развития, а также взрослых самцов и самок позволил получить 36 985 моделей кодирующих и некодирующих генов. Наиболее выраженное изменение экспрессии генов в течение жизненного цикла происходит после питания человеческой кровью и включает гены эндосимбионта Wolbachia, демонстрирующего одновременную и координированную реакцию хозяина и комменсала на гематофагическую активность. Эти данные представляют собой ценный генетический ресурс для картирования распространенности и плотности C. lectularius среди людей и в городах, что может помочь отслеживать, регулировать и контролировать заражение постельными клопами.
1
Собран и аннотирован геном Cimex lectularius размером 697,9 Мб с использованием длинных и коротких чтений; показатель N50 составил 971 кб.
2
Питание кровью вызывало согласованные транскрипционные ответы как у клопа, так и у его эндосимбионта Wolbachia.
3
РНК-секвенирование пяти стадий развития и взрослых самцов и самок выявило 36 985 моделей кодирующих и некодирующих генов.
4
Геномные и экспрессионные ресурсы позволяют проводить филогенетические и географические исследования для отслеживания, контроля и борьбы с заражённостью клопами в разных популяциях людей и городах.
5
Наиболее выраженное изменение экспрессии в жизненном цикле происходило после питания человеческой кровью.

обыкновенный постельный клоп (Cimex lectularius), включая его геном, стадии развития и эндосимбионт Wolbachia

генетическая основа биологии постельного клопа и его адаптации к среде с высокой плотностью людей, включая экспрессию генов на протяжении жизненного цикла и согласованные реакции хозяина и Wolbachia на питание человеческой кровью

Publication Details
Publication Date
2016-02-02
Journal
Publisher
ISSN
Access Type
Author Information
Authors
Jeffrey Rosenfeld
Darryl Reeves
Mercer R. Brugler
Apurva Narechania
Sabrina Simon
R. Durrett
Jonathan Foox
Kevin V. Shianna
Michael C. Schatz
Jorge Gandara
Ebrahim Afshinnekoo
Ernest T. Lam
Alex Hastie
Saki Chan
Han Cao
Michael Saghbini
Alex Kentsis
Paul J. Planet
Vladyslav Kholodovych
Michael Tessler
Richard H. Baker
Rob DeSalle
Louis N. Sorkin
Sergios‐Orestis Kolokotronis
Mark E. Siddall
George Amato
Christopher E. Mason
Explore further
Open the scid.ai AI chat with a ready-made request: it will find papers on a similar topic and help build a literature review.
Find similar papers in the chat
Make a presentation
100%