FinnGen предоставляет генетические сведения о хорошо фенотипированном изолированном населении
FinnGen provides genetic insights from a well-phenotyped isolated population
2023-01-18
SCID: 54.1/8kg3wj9v
Discuss with AI
FinnGenтонкая карта кодирующих вариантовгеномные ассоциативные исследования (GWAS)низкочастотные варианты (0.1%–5% ЧРЧ)изолированная популяция
Figures from the paper
Abstract (AI)
Изолированные популяции, такие как финская, представляют ценность для генетических исследований, поскольку вредные аллели часто сосредоточены в небольшом числе низкочастотных вариантов (0,1% ≤ частота минорного аллеля < 5%). Эти варианты пережили основополагающее бутылочное горлышко (founding bottleneck), вместо того чтобы распределяться по большому числу ультраредких вариантов. Хотя этот эффект хорошо известен в менделевской генетике, его значение для генетики распространённых заболеваний изучено меньше. Проект FinnGen нацелен на изучение геномов и данных национальных регистров здравоохранения 500 000 финских участников. С учётом относительно высокого медианного возраста участников (63 года) и значительной доли набора через больницы, когорты FinnGen обогащены клиническими конечными точками заболеваний. Здесь мы анализируем данные 224 737 участников FinnGen и исследуем 15 заболеваний, ранее изучавшихся в крупных исследованиях ассоциаций по всему геному (GWAS). Мы также включаем мета-анализы данных биобанков Эстонии и Великобритании. Мы выявили 30 новых ассоциаций, в основном низкочастотных вариантов, обогащённых в финской популяции. GWAS по 1 932 заболеваниям также выявил 2 733 ассоциации, значимые по всему геному (893 значимые по феному (PWS), P < 2,6 × 10^−11) в 2 496 (771 PWS) независимых локусах с 807 (247 PWS) конечными точками. В их числе тонкое картирование (fine-mapping) выделило 148 (73 PWS) кодирующих вариантов, ассоциированных с 83 (42 PWS) конечными точками. Более того, 91 (47 PWS) имели частоту аллеля <5% в нефинских европейских популяциях, из которых 62 (32 PWS) были обогащены более чем в два раза в Финляндии. Эти результаты демонстрируют силу популяций, переживших бутылочное горлышко, для обнаружения входных точек в биологию распространённых заболеваний через низкочастотные варианты с большим эффектом.
Key Findings
1
GWAS по 1 932 заболеваниям обнаружил 2 733 геномно-значимые ассоциации в 2 496 независимых локусах, включая 893 феномно-значимые (PWS) ассоциации (P < 2,6 × 10⁻¹¹).
2
Анализ 15 заболеваний и метаанализы с биобанками Эстонии и Великобритании выявили 30 новых ассоциаций, преимущественно низкочастотных вариантов, обогащённых в Финляндии.
3
Популяции с эффектом бутылочного горлышка (изоляты), такие как Финляндия, эффективны для обнаружения низкочастотных, высоко-воздействующих вариантов, дающих вход в биологию общих заболеваний.
4
Файн-маппинг указал на 148 кодирующих вариантов (73 PWS), связанных с 83 конечными точками (42 PWS).
5
FinnGen проанализировал генетические данные и данные национальных регистров здоровья 224 737 финских участников (в рамках когорты из 500 000), обогащённой случаями заболеваний.
6
Девяносто один вовлечённый вариант (47 PWS) имели частоту аллеля <5% у нефинских европейцев; 62 из них (32 PWS) были обогащены более чем в два раза в Финляндии.
Research Object
Когорта FinnGen: 224 737 хорошо фенотипированных финских участников (популяционный изолят) с геномными данными, связанными с национальными регистрами здравоохранения и биобанками
Research Subject
Генетические ассоциации низкочастотных (0,1%–5%) и обогащённых вариантов с распространёнными заболеваниями по 1 932 фенотипам, включая обнаружение новых геномных значимых локусов, тонкое картирование кодирующих вариантов и эффекты обогащения в результате бутылочного эффекта популяции
Publication Details
Publication Date
2023-01-18
Journal
Publisher
ISSN
Cited by
4336
Open access PDF
Access Type
Author Information
Download PDF
Subscribe to digest