Анализ 173 303 экзомов и геномов в Pakistan Genome Resource

Muhammad Sadik Memon; Riffat Sultana; Jeffrey G. Reid; John D. Overton; Andrew Deubler; Christina Beechert; Laura M. Cremona; Hang Du; Caitlin Forsythe; Kristy Guevara; Michael Lattari; Kia Manoochehri; Manuel Allen Revez Ferreira; Muhammad Ali; Slavé Petrovski; Shruthi Bandyadka; Ikuyo Kou; Sebastian Wasilewski; Katherine R. Smith; Maya Ghoussaini; Marcus B. Jones; Shareef Khalid; Mona Nafde; Shahzad Ali Khan; M. Shahid Mukhtar; Christopher Koch; Maleeha Khan; Brian Doyon; Daniel P. Denning; Muhammad Jahanzaib; Muhammad Rehan Mian; Wafa Gul; Muhammad Bilal Liaqat; Aneeqa Bano; Marium Dahar; Namra Saqib; Lubna Kamani; Nazish Butt; Anjum Jalal; Shahid Abbas; Musfireh Siddiqeh; Muhammad Haroon; Asadullah Khan; Khalid Parvez Babar; Aflak Rasheed; Javed Iqbal; Faizan Aslam; Umar Usman; Muhammad Akram Bajwa; Ali Hyder; Nauman Hashmani; Mohsin Iqbal Haroon; Ambreen Muddassir; Syed Asif Raza Zaidi; Mateen Akram; Muhammad Hussain; Saima Naz Mohsin; Samreen Bugti; Tariq Mehmood; Abdul Lateef Rodeni; Tahir Rasool; Adil Mahmood; Muhammad Noor Wazir; S Khan; M Asif Khan; Rahmat Ghaffar; Sanaullah Jan; Noor Ul Hadi; Roshina Anjum; Rehan Abdullah; Muhammad Usman Musharraf; Muhammad Tahir Bashir; Irfan Majeed; Muhammad Bilal; Chihiro Hata; Makoto Asaumi; Wataru Morii; Kousik Kundu; Kieren Lythgow; Stewart MacArthur; RGC Management and Leadership Team; Aris Baras; Gonçalo Abecasis; Adolfo Ferrando; Giovanni Coppola; Luca Lotta; Alan Shuldiner; Katherine Siminovitch; Jason Portnoy; Lyndon Mitnaul; Alison Fenney; Jonathan Marchini; William Salerno; C Willer; Lourdes Crane; Sequencing and Lab Operations; Erin Fuller; Eugene Kalyuskin; Zhenhua Gu; Alexander Lopez

doi:10.1038/s41586-026-10667-5

Анализ 173 303 экзомов и геномов в Pakistan Genome Resource

Analysis of 173,303 exomes and genomes in the Pakistan Genome Resource

Muhammad Sadik Memon, Riffat Sultana, Jeffrey G. Reid, John D. Overton, Andrew Deubler, Christina Beechert, Laura M. Cremona, Hang Du, Caitlin Forsythe, Kristy Guevara, Michael Lattari, Kia Manoochehri, Manuel Allen Revez Ferreira, Muhammad Ali, Slavé Petrovski, Shruthi Bandyadka, Ikuyo Kou, Sebastian Wasilewski, Katherine R. Smith, Maya Ghoussaini, Marcus B. Jones, Shareef Khalid, Mona Nafde, Shahzad Ali Khan, M. Shahid Mukhtar, Christopher Koch, Maleeha Khan, Brian Doyon, Daniel P. Denning, Muhammad Jahanzaib, Muhammad Rehan Mian, Wafa Gul, Muhammad Bilal Liaqat, Aneeqa Bano, Marium Dahar, Namra Saqib, Lubna Kamani, Nazish Butt, Anjum Jalal, Shahid Abbas, Musfireh Siddiqeh, Muhammad Haroon, Asadullah Khan, Khalid Parvez Babar, Aflak Rasheed, Javed Iqbal, Faizan Aslam, Umar Usman, Muhammad Akram Bajwa, Ali Hyder, Nauman Hashmani, Mohsin Iqbal Haroon, Ambreen Muddassir, Syed Asif Raza Zaidi, Mateen Akram, Muhammad Hussain, Saima Naz Mohsin, Samreen Bugti, Tariq Mehmood, Abdul Lateef Rodeni, Tahir Rasool, Adil Mahmood, Muhammad Noor Wazir, S Khan, M Asif Khan, Rahmat Ghaffar, Sanaullah Jan, Noor Ul Hadi, Roshina Anjum, Rehan Abdullah, Muhammad Usman Musharraf, Muhammad Tahir Bashir, Irfan Majeed, Muhammad Bilal, Chihiro Hata, Makoto Asaumi, Wataru Morii, Kousik Kundu, Kieren Lythgow, Stewart MacArthur, RGC Management and Leadership Team, Aris Baras, Gonçalo Abecasis, Adolfo Ferrando, Giovanni Coppola, Luca Lotta, Alan Shuldiner, Katherine Siminovitch, Jason Portnoy, Lyndon Mitnaul, Alison Fenney, Jonathan Marchini, William Salerno, C Willer, Lourdes Crane, Sequencing and Lab Operations, Erin Fuller, Eugene Kalyuskin, Zhenhua Gu, Alexander Lopez

2026-06-17

SCID: 54.1/vb9dst29 Discuss with AI

Pakistan Genome Resourceгомозиготные варианты с потерей функцииварианты с потерей функциипопуляционная генетикавызов по генотипу

Abstract (AI)

Естественно встречающиеся варианты с потерей функции (loss-of-function) в человеческих генах способствуют обнаружению терапевтических мишеней, поскольку они имитируют фармакологическую ингибицию белков. Однако изучение этих генетических вариантов ограничено их редкостью. Секвенирование разнообразных популяций, особенно с высокой степенью родственных связей, предполагаемо способствует выявлению редких генетических вариантов. В настоящей работе представлен Pakistan Genome Resource — южноазиатский биобанк с высокой семейной родословной, включающий 173 303 участника, которые в совокупности несут естественно возникающие гомозиготные варианты с потерей функции в 6 476 генах. Мы описываем генетическую архитектуру этой популяции, ассоциации между генами и биомаркерами, распределение вариантов с потерей функции по молекулярным путям и исследования по повторному набору участников по генотипу (recall-by-genotype) для терапевтически значимых генов. Pakistan Genome Resource расширяет каталог человеческих генетических вариантов, предоставляет исчерпывающий генетический референс для пакистанской популяции и демонстрирует ценность изучения разнообразных когорт для улучшения человеческого здоровья. Pakistan Genome Resource объединяет данные биобанка от 173 303 человек с высокой семейной родственной связью, расширяя каталог человеческой генетической вариабельности и создавая популяционно-специфичный геномный референс для Пакистана.

Key Findings

PGR описывает генетическую архитектуру популяции, ассоциации ген–биомаркер и распределение LoF-вариантов по молекулярным путям.

PGR расширяет каталог человеческих генетических вариантов и предоставляет всеобъемлющий популяционно‑специфический геномный эталон для Пакистана.

У участников совместно обнаружены естественные гомозиготные варианты утраты функции (LoF) в 6 476 генах.

В PGR выполнены исследования с выборкой по генотипу для терапевтически значимых генов, демонстрируя полезность для поиска мишеней лекарств.

Ресурс генома Пакистана (PGR) включает 173 303 участника из южноазиатской популяции с высокой семейной связностью.

Research Object

Биобанк Pakistan Genome Resource, содержащий 173 303 экзома и генома населения Южной Азии с высокой степенью родственных связей

Research Subject

Каталогизация и анализ естественных вариантов с потерей функции (включая гомозиготные LoF в 6476 генах), генетической архитектуры, ассоциаций генов с биомаркерами, распределения LoF-вариантов по молекулярным путям и исследований по выборке по генотипу для поддержки поиска лекарственных мишеней и создания популяционно-специфического геномного эталона

Publication Details

DOI

10.1038/s41586-026-10667-5

Publication Date

2026-06-17

Journal

Publisher

ISSN

Cited by

Open access PDF

https://doi.org/10.1038/s41586-026-10667-5

Access Type

Author Information

Authors

Muhammad Sadik Memon

Riffat Sultana

Jeffrey G. Reid

John D. Overton

Andrew Deubler

Christina Beechert

Laura M. Cremona

Hang Du

Caitlin Forsythe

Kristy Guevara

Michael Lattari

Kia Manoochehri

Manuel Allen Revez Ferreira

Muhammad Ali

Slavé Petrovski

Shruthi Bandyadka

Ikuyo Kou

Sebastian Wasilewski

Katherine R. Smith

Maya Ghoussaini

Marcus B. Jones

Shareef Khalid

Mona Nafde

Shahzad Ali Khan

M. Shahid Mukhtar

Christopher Koch

Maleeha Khan

Brian Doyon

Daniel P. Denning

Muhammad Jahanzaib

Muhammad Rehan Mian

Wafa Gul

Muhammad Bilal Liaqat

Aneeqa Bano

Marium Dahar

Namra Saqib

Lubna Kamani

Nazish Butt

Anjum Jalal

Shahid Abbas

Musfireh Siddiqeh

Muhammad Haroon

Asadullah Khan

Khalid Parvez Babar

Aflak Rasheed

Javed Iqbal

Faizan Aslam

Umar Usman

Muhammad Akram Bajwa

Ali Hyder

Nauman Hashmani

Mohsin Iqbal Haroon

Ambreen Muddassir

Syed Asif Raza Zaidi

Mateen Akram

Muhammad Hussain

Saima Naz Mohsin

Samreen Bugti

Tariq Mehmood

Abdul Lateef Rodeni

Tahir Rasool

Adil Mahmood

Muhammad Noor Wazir

S Khan

M Asif Khan

Rahmat Ghaffar

Sanaullah Jan

Noor Ul Hadi

Roshina Anjum

Rehan Abdullah

Muhammad Usman Musharraf

Muhammad Tahir Bashir

Irfan Majeed

Muhammad Bilal

Chihiro Hata

Makoto Asaumi

Wataru Morii

Kousik Kundu

Kieren Lythgow

Stewart MacArthur

RGC Management and Leadership Team

Aris Baras

Gonçalo Abecasis

Adolfo Ferrando

Giovanni Coppola

Luca Lotta

Alan Shuldiner

Katherine Siminovitch

Jason Portnoy

Lyndon Mitnaul

Alison Fenney

Jonathan Marchini

William Salerno

C Willer

Lourdes Crane

Sequencing and Lab Operations

Erin Fuller

Eugene Kalyuskin

Zhenhua Gu

Alexander Lopez

Download PDF

Make a presentation

Источники этой статьи в scid.ai6

FinnGen предоставляет генетические сведения о хорошо фенотипированном изолированном населении2023 Спектр мутационных ограничений, количественно оценённый на основе вариаций у 141 456 человек2020 Формирование человеческих популяций в Южной и Центральной Азии2019 Глобальный эталон генетической вариабельности человека2015 PLINK второго поколения: ответ на вызов, связанный с увеличением объёма и богатства наборов данных2015 METAL: быстрый и эффективный метаанализ сканов ассоциаций по всему геному2010