Валидация коротких тандемных повторов (STR) для судебно-экспертного применения: испытание характеристик флуоресцентных мультиплексных систем STR и анализ аутентичных и смоделированных судебно-экспертных образцов

Оценивали условия амплификации и типирования 13 основных локусов CODIS, а также их пригодность для судебно-экспертного применения. К этим локусам относятся CSF1PO, FGA, TH01, TPOX, vWA, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51 и D21S11. Результаты были получены с использованием мультиплексных систем STR AmpFlSTR Profiler Plus и AmpFlSTR COfiler (Applied Biosystems, Фостер-Сити, Калифорния), GenePrint PowerPlex (Promega Corporation, Мэдисон, Висконсин), а также отдельных компонентов этих наборов. Для выявления флуоресцентно меченных продуктов амплификации применяли генетический анализатор ABI Prism 310, секвенатор ДНК ABI Prism 377, устройство флуоресцентной визуализации FMBIO II и систему FluorImager. Были проведены следующие исследования: (a) оценка диапазонов параметров ПЦР, необходимых для надлежащего мультиплексного амплифицирования локусов STR; (b) определение чувствительности систем; (c) характеристика неаллельных продуктов ПЦР; (d) оценка интенсивности пиков у гетерозигот; (e) определение относительного уровня stutter-продуктов для каждого локуса; (f) определение стохастических порогов ПЦР; (g) анализ ранее типированных образцов по делам, образцов, подвергшихся воздействию неблагоприятных факторов окружающей среды, и образцов биологических жидкостей, нанесенных на различные субстраты; и (h) выявление компонентов смешанных образцов ДНК. Полученные данные показывают, что коммерчески доступные мультиплексные наборы можно успешно использовать для амплификации и типирования локусов STR в ДНК, выделенной из биологических образцов человека. Признаков ложноположительных или ложноотрицательных результатов не обнаружено; убедительных признаков предпочтительной амплификации в пределах отдельного локуса также не выявлено. Хотя в некоторых случаях общего баланса между локусами, меченными одним и тем же флуорофором, не наблюдалось, полученные результаты оставались достоверными и устойчивыми. Предложены критерии для определения того, происходит ли образец от одного источника или содержит ДНК более чем одного донора. Эти критерии включают: (a) число пиков в локусе; (b) относительную высоту stutter-продуктов; и (c) высоту п...