ADMET-AI: платформа машинного обучения для оценки крупномасштабных библиотек химических соединений по ADMET

ADMET-AI: a machine learning ADMET platform for evaluation of large-scale chemical libraries
James Zou, Joseph C. Wu, Kyle Swanson, Jeremy Leitz, Parker Walther, Souhrid Mukherjee, Rabindra V. Shivnaraine
2024-06-21

прогнозирование ADMETTDC ADMET Leaderboardвысокопроизводительный ADMET скринингплатформа машинного обучения
Актуальность: Появление крупных химических репозиториев и комбинаторных химических пространств в сочетании с высокопроизводительным докингом и генеративным ИИ значительно расширило химическое разнообразие малых молекул для разработки лекарств. Выбор соединений для экспериментальной валидации требует фильтрации этих молекул на основе благоприятных лекарственных свойств, таких как абсорбция, распределение, метаболизм, выведение и токсичность (ADMET). Результаты: Мы разработали ADMET-AI, платформу машинного обучения, обеспечивающую быстрые и точные предсказания ADMET как в виде веб-сайта, так и в виде пакета Python. ADMET-AI имеет наивысший средний рейтинг в таблице лидеров TDC ADMET и в настоящее время является самым быстрым веб-ориентированным предиктором ADMET, сокращая время на 45% по сравнению со следующим по скорости публичным ADMET-веб-сервером. ADMET-AI также можно запускать локально: предсказания для миллиона молекул занимают всего 3,1 ч. Доступность и реализация: Платформа ADMET-AI свободно доступна как веб-сервер по адресу admet.ai.greenstonebio.com и как открытый пакет Python для локального пакетного предсказания на github.com/swansonk14/admet_ai (также архивирован на Zenodo по doi.org/10.5281/zenodo.10372930). Все данные и модели архивированы на Zenodo по doi.org/10.5281/zenodo.10372418.
1
ADMET-AI получила наивысший средний ранг в таблице лидеров TDC ADMET (Therapeutics Data Commons).
2
ADMET-AI — платформа машинного обучения, обеспечивающая быстрые и точные предсказания ADMET доступная как веб-сайт и пакет Python.
3
ADMET-AI поддерживает локальные пакетные предсказания в масштабе: предсказание ADMET для одного миллиона молекул занимает примерно 3,1 часа.
4
Все данные, модели и код ADMET-AI общедоступны (веб-сервер, открытый пакет Python и архивы на Zenodo).
5
Веб-сервер ADMET-AI является самым быстрым публичным веб-предсказателем ADMET, сокращая время предсказания на 45% по сравнению со следующим по скорости публичным сервером.

Платформа машинного обучения ADMET-AI для предсказания ADMET‑свойств больших химических библиотек

Быстрое и точное предсказание и оценка ADMET (Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion, Toxicity)‑свойств для больших химических репозиториев и комбинаторных библиотек, включая показатели производительности (скорость, рейтинг) и масштабируемость пакетных предсказаний

Publication Details
Publication Date
2024-06-21
Journal
Publisher
ISSN
Cited by
322
Access Type
Author Information
Authors
James Zou
Joseph C. Wu
Kyle Swanson
Jeremy Leitz
Parker Walther
Souhrid Mukherjee
Rabindra V. Shivnaraine
Explore further
Open the scid.ai AI chat with a ready-made request: it will find papers on a similar topic and help build a literature review.
Find similar papers in the chat
Make a presentation
100%