Массивно-параллельное цифровое транскриптомное профилирование отдельных клеток
Massively parallel digital transcriptional profiling of single cells
2017-01-16
SCID: 54.1/fg5rh3kv
Discuss with AI
подсчет 3'-мРНКкапельная системахимеризм хозяин-донормононуклеарные клетки периферической кровиодноклеточная транскриптомика
Figures from the paper
Abstract (AI)
Характеристика транскриптома отдельных клеток имеет фундаментальное значение для понимания сложных биологических систем. Мы описываем систему на основе капель, позволяющую количественно определять 3′-мРНК в десятках тысяч отдельных клеток на образец. Инкапсуляция клеток, до 8 образцов одновременно, занимает около 6 мин, а эффективность захвата клеток составляет около 50%. Для демонстрации технических характеристик системы мы получили данные о транскриптомах примерно 250 тыс. отдельных клеток в 29 образцах. Мы подтвердили чувствительность системы и ее способность выявлять редкие популяции с использованием клеточных линий и синтетических РНК. Мы профилировали 68 тыс. мононуклеарных клеток периферической крови, чтобы продемонстрировать способность системы характеризовать крупные популяции иммунных клеток. Наконец, мы использовали вариации последовательностей в данных о транскриптомах для определения химеризма реципиента и донора на уровне отдельных клеток по мононуклеарным клеткам костного мозга, выделенным у пациентов после трансплантации.
Key Findings
1
Капельная система обеспечивает массовый параллельный подсчёт 3′-мРНК в десятках тысяч отдельных клеток на образец.
2
Профилирование 68 000 мононуклеарных клеток периферической крови показало способность системы характеризовать крупные популяции иммунных клеток.
3
Система позволила получить транскриптомные профили примерно 250 000 отдельных клеток из 29 образцов и продемонстрировала чувствительность к редким популяциям.
4
Вариации последовательностей транскриптома позволили определить химеризм между хозяином и донором на уровне отдельных клеток в клетках костного мозга пациентов после трансплантации.
5
До восьми образцов можно инкапсулировать одновременно примерно за 6 минут при эффективности захвата клеток около 50%.
Research Object
Капельно-основанная система подсчёта 3'-mRNA на одиночных клетках для массового параллельного транскриптомного профилирования
Research Subject
массово параллельное профилирование транскриптома по 3′-мРНК и характеристика клеточных популяций, включая редкие популяции и химеризм между реципиентом и донором, на уровне отдельных клеток
Publication Details
Publication Date
2017-01-16
Journal
Publisher
ISSN
Open access PDF
Access Type
Author Information
Download PDF
Subscribe to digest
Работы, цитирующие эту статью3
Пространственно-временной контроль идентичности миобластов определяет разнообразие мышц в ноге Drosophila2026
Рецидивирующие паттерны нейронального геномного повреждения, опосредованного TOP1, общие для основных нейродегенеративных заболеваний2026
Ковалентное фото-аптамерное мечение (CPAT) для мультиплексирования одиночных клеток и химических транскриптомных скринингов2026