DnaSP 6: анализ полиморфизма последовательностей ДНК в больших наборах данных
DnaSP 6: DNA Sequence Polymorphism Analysis of Large Data Sets
2017-09-18
SCID: 54.1/fjczfpt4
Discuss with AI
полиморфизм последовательностей ДНКDnaSP 6RADseqкоалесцентные симуляциианализ популяционной генетики
Figures from the paper
Abstract (AI)
Представлена шестая версия программного обеспечения для анализа полиморфизма последовательностей ДНК (DnaSP) — новая версия популярного инструмента для проведения всестороннего популяционно-генетического анализа множественных выравниваний последовательностей. Это существенное обновление включает новые функциональные возможности для анализа больших наборов данных, например полученных с использованием технологий высокопроизводительного секвенирования. Среди прочих возможностей DnaSP 6 реализует: 1) модули для чтения и анализа данных, полученных методами геномного фракционирования, такими как RADseq или подходы на основе гибридного обогащения; 2) более быстрые методы, масштабируемые для данных высокопроизводительного секвенирования; и 3) сводные статистики для анализа многолокусных популяционно-генетических данных. Кроме того, DnaSP 6 включает новые модули для проведения одно- и многолокусного коалесцентного моделирования в широком диапазоне демографических сценариев. Программа DnaSP 6 с подробной документацией находится в свободном доступе по адресу http://www.ub.edu/dnasp.
Key Findings
1
DnaSP 6 представляет собой крупное обновление программного обеспечения DnaSP для детального популяционно-генетического анализа множественных выравниваний последовательностей.
2
DnaSP 6 поддерживает данные методов геномного фракционирования, включая RADseq и подходы гибридного обогащения.
3
Более быстрые методы повышают масштабируемость анализа данных высокопроизводительного секвенирования; также реализованы сводные статистики для многолокусного популяционно-генетического анализа.
4
Программа добавляет одно- и многолокусное коалесцентное моделирование для широкого диапазона демографических сценариев и распространяется бесплатно с подробной документацией.
5
Программа получила функциональность для анализа крупных геномных наборов данных, полученных с использованием технологий высокопроизводительного секвенирования.
Research Object
Программное обеспечение DnaSP 6 для популяционно-генетического анализа больших наборов последовательностей ДНК и множественных выравниваний последовательностей
Research Subject
Функциональность, масштабируемость и аналитические возможности DnaSP 6 для высокопроизводительного популяционно-генетического анализа и коалесцентного моделирования для одного и нескольких локусов
Publication Details
Publication Date
2017-09-18
Journal
Publisher
ISSN
Open access PDF
Access Type
Author Information
Download PDF
Subscribe to digest