MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis версия 6.0

Программное обеспечение Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) развилось до состояния, в котором включает большой набор методов и инструментов для вычислительной молекулярной эволюции. В настоящей работе мы описываем новые дополнения, которые делают MEGA более всеобъемлющим инструментом для построения временных деревьев (timetrees) видов, патогенов и семейств генов с использованием быстрых методов со «слабой» (relaxed) молекулярной часовости. Реализованы методы оценки времени дивергенции и доверительных интервалов с использованием плотностей вероятности для калибровочных ограничений при датировании по узлам (node-dating) и дат отбора образцов последовательностей для датирования по кончикам (tip-dating). Они сопровождаются новыми опциями для пометки последовательностей спатиотемпоральной информацией о выборках, расширенным интерактивным редактором Node Calibrations и расширенным Tree Explorer для отображения временных деревьев. Также добавлен байесовский метод оценки нейтральных эволюционных вероятностей аллелей в видеe с использованием мновидовых выравниваний последовательностей и метод машинного обучения для тестирования автокорреляции эволюционных скоростей в филогенетических деревьях. Требования к объему оперативной памяти при анализе максимального правдоподобия существенно снижены за счет перепрограммирования, а графический интерфейс стал более отзывчивым и интерактивным для очень больших наборов данных. Эти улучшения повысят удобство использования, качество результатов и темп биологических открытий. Нативно скомпилированные версии MEGA11 с графическим интерфейсом и командной строкой доступны для Microsoft Windows, Linux и macOS на www.megasoftware.net.