Переоценка таксономии группы Mitis рода Streptococcus на основе филогенетических анализов полного генома и предложенная реклассификация Streptococcus dentisani как Streptococcus oralis subsp. dentisani comb. nov., Streptococcus tigurinus как Streptococcus oralis subsp. tigurinus comb. nov., и Streptococcus oligofermentans как поздний синоним Streptococcus cristatus

Группа Mitis рода Streptococcus в настоящее время включает 20 видов с валидно опубликованными названиями, включая патоген S. pneumoniae. Они долгое время были предметом значительной таксономической путаницы из-за фенотипического совпадения и генетической гетерогенности, что затрудняло полное понимание их клинического значения. Целью этого исследования было критически пересмотреть таксономию группы Mitis, используя 195 общедоступных геномов, включая обозначенные штаммы типа, для филогенетических анализов на основе коровых геномов, мульти-локусных последовательностей и последовательностей гена 16S rRNA, в сочетании с оценками средней нуклеотидной идентичности (ANI) и in silico и in vitro анализами специфических фенотипических характеристик. Наши филогенетические анализы корового генома выявили отчетливые клады, которые в определенной степени и по кластеризации штаммов типа соответствуют известным видам. Однако многие геномы были неправильно идентифицированы, что усугубляет имеющуюся путаницу. Более того, наши данные показывают, что последовательности гена 16S rRNA и ANI непригодны для идентификации и определения границ новых видов группы Mitis рода Streptococcus. На основании шаблонов кластеризации, полученных в результате филогенетического анализа корового генома, мы делаем вывод, что S. oligofermentans является поздним синонимом S. cristatus. Недавно описанные штаммы вида Streptococcus dentisani включают один, ранее относимый к «S. mitis biovar 2». Вместе с S. oralis, S. dentisani и S. tigurinus образуют подсгустки внутри единой филогенетической клады. Мы предлагаем, чтобы вид S. oralis состоял из трех субвидов: S. oralis subsp. oralis subsp. nov., S. oralis subsp. tigurinus comb. nov., и S. oralis subsp. dentisani comb. nov.