RAxML версии 8: инструмент для филогенетического анализа и пост-анализа больших филогений

Мотивация: Филогении все чаще используются во всех областях медицинских и биологических исследований. Более того, из-за революции секвенирования следующего поколения наборы данных, используемые для проведения филогенетических анализов, растут с беспрецедентной скоростью. RAxML (Randomized Axelerated Maximum Likelihood) — популярная программа для филогенетического анализа крупных наборов данных методом максимального правдоподобия. Со времени последней статьи по RAxML в 2006 году код непрерывно поддерживался и расширялся для учета постоянно растущих входных наборов данных и удовлетворения потребностей сообщества пользователей. Результаты: Представлены некоторые из наиболее заметных новых функций и расширений RAxML, такие как существенное расширение моделей замещения и поддерживаемых типов данных, введение векторовых интринсиков SSE3, AVX и AVX2, методы для уменьшения требований к памяти кода и множество операций для проведения пост-анализа на наборах деревьев. Кроме того, доступно актуализированное 50-страничное руководство пользователя, охватывающее все новые опции RAxML. Доступность и реализация: Код доступен под лицензией GNU GPL по адресу https://github.com/stamatak/standard-RAxML. Контакт: alexandros.stamatakis@h-its.org. Дополнительная информация: Дополнительные данные доступны на сайте Bioinformatics.