Расширение границ исследований и селекции пшеницы с использованием полностью аннотированного эталонного генома
Shifting the limits in wheat research and breeding using a fully annotated reference genome
2018-08-17
SCID: 54.1/hshht4k3
Discuss with AI
аннотированный референсный геномкоэкспрессионные сетигеномная селекциягеном гексаплоидной хлебной пшеницытранскриптомный атлас пшеницы
Figures from the paper
Abstract (AI)
Аннотированная эталонная последовательность, представляющая гексаплоидный геном мягкой пшеницы в виде 21 псевдомолекулы, была проанализирована для определения распределения и геномного контекста кодирующих и некодирующих элементов в субгеномах A, B и D. Сборка, охватывающая, по оценкам, 94% генома и содержащая 107 891 высоконадежную генную модель, позволила выявить сети коэкспрессии, связанные с тканями и стадиями развития, благодаря созданию транскриптомного атласа, представляющего основные этапы развития пшеницы. Динамика сложных семейств генов, участвующих в адаптации к окружающей среде и формировании качества продукции, была охарактеризована на уровне субгеномов и сопоставлена с известными агрономически значимыми локусами единичных генов или количественных признаков. Этот ресурс, созданный для научного сообщества, закладывает основу для ускорения исследований пшеницы и практического применения полученных знаний благодаря более глубокому пониманию биологии пшеницы и селекции с использованием геномных данных.
Key Findings
1
Атлас транскриптомов развития позволил выявить тканеспецифичные и специфичные для стадий развития сети коэкспрессии генов.
2
Аннотированный референсный геном гексаплоидной пшеницы организован в 21 псевдомолекулу, охватывающую субгеномы A, B и D.
3
Анализ на уровне субгеномов выявил динамику сложных семейств генов, связанных с адаптацией к окружающей среде и качеством конечного продукта.
4
Сборка покрывает примерно 94% генома пшеницы и содержит 107 891 высоконадежную модель гена.
5
Ресурс сопоставил геномные признаки с известными агрономическими моногенными локусами и локусами количественных признаков, поддерживая геномную селекцию пшеницы.
Research Object
Полностью аннотированная референсная сборка генома шестиплойной хлебной пшеницы (21 псевдомолекула, подгеномы A/B/D)
Research Subject
геномная организация, сети экспрессии генов и динамика семейств генов, определяющих адаптацию и качество конечного продукта пшеницы, лежащие в основе биологии пшеницы и геномно-ассистированной селекции
Publication Details
Publication Date
2018-08-17
Journal
Publisher
ISSN
Open access PDF
Access Type
Author Information
Download PDF
Subscribe to digest