Статистическая структура для выявления SNP, обнаружения мутаций, картирования ассоциаций и оценки популяционных генетических параметров по данным секвенирования

Актуальность: Большинство существующих методов анализа ДНК-последовательностей опираются на точные последовательности или генотипы. Однако при применениях секвенирования нового поколения (NGS) получение точных генотипов может быть затруднено (например, при многопробном секвенировании с низким покрытием или при поиске соматических мутаций). Эти задачи требуют разработки новых методов анализа данных секвенирования с учетом неопределенности. Результаты: Мы представляем статистическую структуру для вызова однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), обнаружения соматических мутаций, вывода популяционных генетических параметров и проведения тестов на ассоциацию непосредственно на основе данных секвенирования без явного определения генотипов или иммутации на основе сцепления. На реальных данных мы показываем, что наш метод достигает сопоставимой точности с альтернативными методами при оценке числа аллелей на сайте, выводе спектра частот аллелей и при картировании ассоциаций. Мы также подчёркиваем необходимость использования симметричных наборов данных для обнаружения соматических мутаций и подтверждаем, что при обнаружении редких событий некорректное выравнивание (mismapping) часто является основной причиной ошибок. Доступность: http://samtools.sourceforge.net. Контакт: hengli@broadinstitute.org.