ICEberg 2.0: обновлённая база данных интегративных и конъюгативных элементов бактерий

ICEberg 2.0 (http://db-mml.sjtu.edu.cn/ICEberg/) — обновлённая база данных, содержащая исчерпывающую информацию об интегративных и конъюгативных элементах (ICE) бактерий. По сравнению с предыдущей версией были внесены три основных улучшения. Во-первых, с помощью извлечения информации из текстов и ручной курирования теперь представлены сведения о 1 032 ICE, включая 270 элементов, подтверждённых экспериментально, и 762 элемента, идентифицированных методами биоинформатического прогнозирования. Во-вторых, поскольку всё больше данных свидетельствует о том, что ICE часто мобилизуют так называемые «попутные» элементы, такие как интегративные и мобилизуемые элементы (IME) и цис-мобилизуемые элементы (CIME), в базу данных были включены 83 известных взаимодействия переноса между 49 IME и 7 CIME, с одной стороны, и 19 ICE — с другой, выявленных в научной литературе; эти взаимодействия представлены с помощью наглядных ориентированных графов. Кроме того, была добавлена расширенная коллекция, включающая 260 хромосомных IME и 235 CIME. Наконец, ICEberg 2.0 предоставляет онлайн-инструмент ICEfinder для прогнозирования ICE и IME в последовательностях геномов бактерий. Он объединяет поиск сходства для интегразы, релаксазы и/или системы секреции типа IV с анализом совместной локализации соответствующих гомологичных генов. Благодаря этим обновлениям ICEberg 2.0 может лучше поддерживать изучение биологических характеристик ICE, особенно с учётом того, что их взаимодействие с родственными мобилизуемыми элементами может дополнительно способствовать горизонтальному переносу генов.