Синтетические данные в обобщаемой обучаемой нейровизуализации

Synthetic data in generalizable, learning-based neuroimaging
Steven E. Arnold, Juan Eugenio Iglesias, Koen Van Leemput, Bruce Fischl, Daniel C. Alexander, Oula Puonti, Benjamin Billot, Adrian V. Dalca, Adrià Casamitjana, Matthew S. Rosen, W. Taylor Kimberly, Malte Hoffmann, Andrew Hoopes, Brian L. Edlow, Harshvardhan Gazula, Karthik Gopinath, Yaël Balbastre, You Cheng, Russ Yue Zhi Chua, C. Dirk Keene, Seunghoi Kim, Sonia Laguna, Kathleen E. Larson, Lívia Rodrigues, Henry F. J. Tregidgo, Divya Varadarajan, Sean I. Young
2024-01-01

сегментация головного мозга (SynthSeg)рандомизация доменаобобщаемое машинное обучениеудаление черепа (SynthStrip)синтетические данные
Синтетические данные зарекомендовали себя как привлекательный вариант для разработки методов машинного обучения в человеческой нейровизуализации, особенно в магнитно-резонансной томографии (МРТ) — модальности, контраст в которой в значительной степени зависит от оборудования и параметров сканирования. В этой ретроспективной статье дается обзор семейства недавно предложенных методов, основанных на синтетических данных, для обобщаемого машинного обучения в анализе мозговой МРТ. В основе этой методологии лежит концепция рандомизации доменов (domain randomization), предполагающая обучение нейронных сетей на чрезвычайно разнообразном наборе синтетически сгенерированных изображений с произвольными свойственными контрастами. Эта техника позволила получить устойчивые, адаптируемые модели, способные работать с различными контрастами МРТ, разрешениями и патологией, прямо «из коробки», без дообучения. Мы успешно применяли этот подход к задачам такой как сегментация всего мозга (SynthSeg), удаление черепа (skull-stripping, SynthStrip), регистрация (SynthMorph, EasyReg), сверхразрешение и перенос контраста МРТ (SynthSR). Помимо этих приложений, в статье обсуждаются и другие возможные случаи использования и направления будущих работ в нашей методологии. Нейронные сети, обученные на синтетических данных, обеспечивают возможность анализа клинических МРТ, включая большие ретроспективные наборы данных, значительно снижая (а иногда и полностью устраняя) необходимость в больших размеченных наборах данных, и представляют собой большие перспективы в качестве устойчивых инструментов для решения различных исследовательских задач.
1
Случайная генерализация доменов — обучение на сильно разнообразном наборе синтетически сгенерированных МР-изображений с случайными свойствами контраста — позволяет нейронным сетям обобщать на различные МР-контрасты, разрешения и патологии без дообучения.
2
Модели, обученные на синтетических данных, работают «из коробки» на клинических МР-изображениях, что облегчает анализ больших ретроспективных наборов данных и повышает устойчивость и адаптивность.
3
Модели, обученные на синтетических данных, успешно применены к задачам нейровизуализации: сегментация всего мозга (SynthSeg), удаление черепа (SynthStrip), регистрация (SynthMorph, EasyReg), суперрезолюция и перенос контраста МР (SynthSR).
4
Ретроспективный обзор выявляет методы на основе синтетических данных как перспективную рамку с дополнительными возможными случаями применения и направлениями будущих исследований в обобщаемом анализе МР-изображений мозга.
5
Использование синтетических данных значительно снижает или иногда полностью устраняет необходимость в больших размеченных наборах данных при анализе клинических и ретроспективных МР-данных.

Модели машинного обучения на основе нейронных сетей для анализа МРТ головного мозга, обученные на синтетических нейроизображениях

Обобщаемость и устойчивость этих моделей к различным МРТ-контрастам, разрешениям, патологиям и задачам (сегментация, удаление черепа, регистрация, суперразрешение, перенос контраста), достигаемые за счёт обучения на синтетических данных с рандомизацией доменов

Publication Details
Publication Date
2024-01-01
Journal
Publisher
ISSN
Cited by
27
Access Type
Author Information
Authors
Steven E. Arnold
Juan Eugenio Iglesias
Koen Van Leemput
Bruce Fischl
Daniel C. Alexander
Oula Puonti
Benjamin Billot
Adrian V. Dalca
Adrià Casamitjana
Matthew S. Rosen
W. Taylor Kimberly
Malte Hoffmann
Andrew Hoopes
Brian L. Edlow
Harshvardhan Gazula
Karthik Gopinath
Yaël Balbastre
You Cheng
Russ Yue Zhi Chua
C. Dirk Keene
Seunghoi Kim
Sonia Laguna
Kathleen E. Larson
Lívia Rodrigues
Henry F. J. Tregidgo
Divya Varadarajan
Sean I. Young
Explore further
Open the scid.ai AI chat with a ready-made request: it will find papers on a similar topic and help build a literature review.
Find similar papers in the chat
Make a presentation
100%