Бенчмарк мультимодальной сегментации изображений опухолей головного мозга (BRATS)

The Multimodal Brain Tumor Image Segmentation Benchmark (BRATS)
Ben Glocker, R. Jena, Jamie Shotton, Marc‐André Weber, Sérgio Pereira, Michael J. Ryan, Gözde Ünal, Bjoern Menze, András Jakab, Stefan Bauer, Jayashree Kalpathy–Cramer, Keyvan Farahani, Justin Kirby, Yuliya Burren, Nicole Porz, Johannes Slotboom, Roland Wiest, Levente Lánczi, Elizabeth R. Gerstner, Tal Arbel, Brian Avants, Nicholas Ayache, Patricia Buendia, D. Louis Collins, Nicolas Cordier, Jason J. Corso, Antonio Criminisi, Tilak Das, Hervé Delingette, Çağatay Demiralp, Christopher R. Durst, Michel Dojat, Senan Doyle, Joana Festa, Florence Forbes, Ezequiel Geremia, Polina Golland, Xiaotao Guo, Andaç Hamamcı, Khan M. Iftekharuddin, Nigel John, Ender Konukoğlu, Danial Lashkari, José Mariz, Raphael Meier, Doina Precup, Stephen J. Price, Tammy Riklin Raviv, Syed M. S. Reza, Duygu Sarıkaya, Lawrence H. Schwartz, Hoo-Chang Shin, Carlos A. Silva, Nuno Sousa, Nagesh K. Subbanna, Gábor Székely, Thomas J. Taylor, Owen Thomas, Nicholas J. Tustison, Flor Vasseur, Max Wintermark, Dong Hye Ye, Liang Zhao, Binsheng Zhao, Darko Zikic, Marcel Prastawa, Mauricio Reyes, Koen Van Leemput, Raj Jena
2014-12-04

бенчмарк BRATSкоэффициент Diceсегментация опухолей мозгаглиомамультимодальная МРТ
В статье представлены постановка задачи и результаты бенчмарка мультимодальной сегментации изображений опухолей головного мозга (BRATS), организованного в рамках конференций MICCAI 2012 и 2013 годов. Двадцать современных алгоритмов сегментации опухолей были применены к набору из 65 мультиконтрастных МР-сканов пациентов с глиомами низкой и высокой степени злокачественности, вручную размеченных не более чем четырьмя экспертами, а также к 65 сопоставимым сканам, сгенерированным с использованием программного обеспечения для имитации изображений опухолей. Количественная оценка выявила значительные расхождения между экспертами при сегментации различных субрегионов опухолей (значения коэффициента Дайса в диапазоне 74–85%), что иллюстрирует сложность этой задачи. Было установлено, что разные алгоритмы лучше всего работали для разных субрегионов, достигая результатов, сопоставимых с межэкспертной вариабельностью, однако ни один алгоритм не вошёл в число лучших одновременно для всех субрегионов. Объединение нескольких эффективных алгоритмов с использованием иерархического голосования большинством дало сегментации, которые стабильно превосходили результаты всех отдельных алгоритмов, что указывает на сохраняющиеся возможности для дальнейшего методологического совершенствования. Данные изображений BRATS и ручные разметки по-прежнему находятся в открытом доступе через онлайн-систему оценки и служат постоянно действующим ресурсом для бенчмаркинга.
1
Изображения BRATS и ручные аннотации были предоставлены через онлайн-систему оценки как постоянно доступный публичный ресурс для бенчмаркинга.
2
Разные алгоритмы лучше всего работали на разных субрегионах опухоли и иногда достигали вариабельности между экспертами, но ни один метод не входил в число лучших для всех субрегионов.
3
Иерархическое объединение нескольких сильных алгоритмов методом большинства стабильно превосходило каждый отдельный алгоритм.
4
Между экспертами наблюдались существенные расхождения при сегментации различных субрегионов опухоли: коэффициенты Dice составляли 74–85%, что подчёркивает сложность задачи.
5
Бенчмарк BRATS оценил 20 современных алгоритмов сегментации опухолей на 65 реальных и 65 симулированных мультимодальных МР-сканах.

Набор данных и система оценки Multimodal Brain Tumor Image Segmentation Benchmark (BRATS) (многоконтрастные МР-сканы низко- и высокозлокачественных глиом, смоделированные сканы и ручные аннотации)

точность, межэкспертная вариабельность и сравнительная эффективность алгоритмов сегментации подрегионов опухоли, а также их объединения методом иерархического голосования большинства

Publication Details
Publication Date
2014-12-04
Journal
Publisher
ISSN
Access Type
Author Information
Authors
Ben Glocker
R. Jena
Jamie Shotton
Marc‐André Weber
Sérgio Pereira
Michael J. Ryan
Gözde Ünal
Bjoern Menze
András Jakab
Stefan Bauer
Jayashree Kalpathy–Cramer
Keyvan Farahani
Justin Kirby
Yuliya Burren
Nicole Porz
Johannes Slotboom
Roland Wiest
Levente Lánczi
Elizabeth R. Gerstner
Tal Arbel
Brian Avants
Nicholas Ayache
Patricia Buendia
D. Louis Collins
Nicolas Cordier
Jason J. Corso
Antonio Criminisi
Tilak Das
Hervé Delingette
Çağatay Demiralp
Christopher R. Durst
Michel Dojat
Senan Doyle
Joana Festa
Florence Forbes
Ezequiel Geremia
Polina Golland
Xiaotao Guo
Andaç Hamamcı
Khan M. Iftekharuddin
Nigel John
Ender Konukoğlu
Danial Lashkari
José Mariz
Raphael Meier
Doina Precup
Stephen J. Price
Tammy Riklin Raviv
Syed M. S. Reza
Duygu Sarıkaya
Lawrence H. Schwartz
Hoo-Chang Shin
Carlos A. Silva
Nuno Sousa
Nagesh K. Subbanna
Gábor Székely
Thomas J. Taylor
Owen Thomas
Nicholas J. Tustison
Flor Vasseur
Max Wintermark
Dong Hye Ye
Liang Zhao
Binsheng Zhao
Darko Zikic
Marcel Prastawa
Mauricio Reyes
Koen Van Leemput
Raj Jena
Explore further
Open the scid.ai AI chat with a ready-made request: it will find papers on a similar topic and help build a literature review.
Find similar papers in the chat
Make a presentation
100%