Внутренний транскрибируемый спейсерный (ITS) регион ядерной рибосомной ДНК как универсальный маркер ДНК-штрихкодирования грибов
Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi
2012-03-27
SCID: 54.1/ttw3pbpg
Discuss with AI
штрихкодовый разрывДНК-баркодирование грибоввнутренний транскрибируемый спейсер (ITS)ядерный рибосомный РНК-цистронидентификация видов
Figures from the paper
Abstract (AI)
Международный консорциум с участием нескольких лабораторий оценил шесть участков ДНК в качестве потенциальных ДНК-штрихкодов для грибов — второго по величине царства эукариотической жизни. Участок митохондриального гена субъединицы 1 цитохром-c-оксидазы, используемый в качестве штрихкода животных, был исключён как потенциальный маркер, поскольку его трудно амплифицировать у грибов, он часто содержит крупные интроны и может обладать недостаточной вариабельностью. Были сопоставлены три субъединицы ядерного рибосомного РНК-цистрона с участками трёх репрезентативных белок-кодирующих генов: крупнейшей субъединицы РНК-полимеразы II, второй по величине субъединицы РНК-полимеразы II и белка поддержания мини-хромосом. Хотя участки белок-кодирующих генов часто обеспечивали более высокий процент правильной идентификации по сравнению с рибосомными маркерами, низкая эффективность ПЦР-амплификации и секвенирования исключила их из числа кандидатов на роль универсального штрихкода грибов. Среди участков рибосомного цистрона внутренний транскрибируемый спейсерный (ITS) регион имеет наибольшую вероятность успешной идентификации для наиболее широкого спектра грибов и наиболее чётко выраженный штрихкодинговый разрыв между межвидовой и внутривидовой вариабельностью. Крупная субъединица ядерной рибосомной ДНК, широко используемый филогенетический маркер для некоторых групп, обеспечивала более высокое разрешение на уровне видов в отдельных таксономических группах, таких как рано дивергировавшие линии и аскомицетные дрожжи, но в остальных случаях несколько уступала ITS. Малая субъединица ядерной рибосомной ДНК обладает низким разрешением на уровне видов у грибов. ITS будет официально предложен Консорциуму по штрихкодированию жизни для принятия в качестве основного маркера ДНК-штрихкодирования грибов; при этом допускается разработка дополнительных штрихкодов для отдельных узко очерченных таксономических групп.
Key Findings
1
Международный консорциум с участием нескольких лабораторий оценил шесть участков ДНК как потенциальные универсальные баркод-маркеры для грибного царства.
2
По сравнению с ITS большая субъединица давала лучшее разрешение в некоторых группах, тогда как малая субъединица имела низкое разрешение на уровне видов; ITS рекомендован как основной баркод грибов.
3
Митохондриальный ген субъединицы 1 цитохром-с-оксидазы исключили из-за трудностей амплификации у грибов, частого наличия интронов и иногда недостаточной вариабельности.
4
Белок-кодирующие маркеры иногда обеспечивали более высокую точность идентификации, чем рибосомные участки, но низкая успешность ПЦР и секвенирования исключила их универсальное применение.
5
Для узко ограниченных таксономических групп грибов могут потребоваться дополнительные баркод-маркеры.
6
Ядерный рибосомный участок ITS обеспечивал наивысшую общую успешность идентификации и наиболее чёткий баркодный разрыв между межвидовой и внутривидовой вариабельностью.
Research Object
Грибы и потенциальные регионы ДНК-штрихкодирования, прежде всего внутренний транскрибируемый спейсер (ITS) ядерного рибосомного кластера
Research Subject
Сравнительная эффективность идентификации, успешность амплификации и секвенирования, разрешение на уровне видов и характеристики штрихкодового разрыва у кандидатных регионов для универсального ДНК-штрихкодирования грибов
Publication Details
Publication Date
2012-03-27
Journal
Publisher
ISSN
Open access PDF
Access Type
Author Information
Download PDF
Subscribe to digest