WGCNA: R-пакет для взвешенного корреляционного сетевого анализа

ВВЕДЕНИЕ: Корреляционные сети все чаще используются в биоинформатике. Например, взвешенный анализ сетей коэкспрессии генов представляет собой метод системной биологии для описания корреляционных закономерностей между генами в образцах микрочипов. Взвешенный корреляционный сетевой анализ (WGCNA) может применяться для выявления кластеров (модулей) генов с высокой корреляцией, обобщения таких кластеров с помощью собственного вектора модуля или внутримодульного хаб-гена, установления взаимосвязей между модулями и их связей с внешними признаками образцов (с использованием методологии сетей собственных векторов), а также для расчета показателей принадлежности генов к модулям. Корреляционные сети обеспечивают основу для сетевых методов скрининга генов, позволяющих выявлять потенциальные биомаркеры или терапевтические мишени. Эти методы успешно применялись в различных биологических контекстах, включая онкологию, генетику мышей, генетику дрожжей и анализ данных визуализации головного мозга. Хотя отдельные аспекты методологии корреляционных сетей были описаны в различных публикациях, существует необходимость в удобной для пользователя, комплексной и согласованной программной реализации с сопутствующим учебным руководством. РЕЗУЛЬТАТЫ: Программный пакет WGCNA для R представляет собой комплексную коллекцию функций R для выполнения различных аспектов взвешенного корреляционного сетевого анализа. Пакет включает функции для построения сетей, выявления модулей, отбора генов, расчета топологических свойств, моделирования данных, визуализации и взаимодействия с внешним программным обеспечением. Наряду с пакетом R мы также представляем учебные руководства по использованию программного обеспечения R. Хотя разработка методов была мотивирована анализом данных об экспрессии генов, лежащий в их основе подход к интеллектуальному анализу данных может применяться в самых разных областях. ЗАКЛЮЧЕНИЕ: Пакет WGCNA предоставляет функции R для взвешенного корреляционного сетевого анализа, например для анализа сетей коэкспрессии по данным об экспрессии генов. Пакет R вместе с исходным кодом и дополнительными материалами находится в свободном доступе по адресу: http://www.genetics.ucla.edu/labs/h...