Изменения обилия и совместной встречаемости Akkermansia muciniphila и Faecalibacterium prausnitzii в слизистой оболочке толстой кишки пациентов с воспалительными заболеваниями кишечника

Akkermansia muciniphila и Faecalibacterium prausnitzii, совместно обитающие в слизистой оболочке кишечника, считаются представителями здоровой микробиоты; снижение содержания обоих видов наблюдается при ряде кишечных заболеваний, включая воспалительные заболевания кишечника. Однако связь между снижением численности этих видов и условиями, при которых оно возникает, изучена недостаточно. Целью настоящего исследования было определить обилие и совместную встречаемость этих двух видов, чтобы выяснить, какие условия могут нарушать их присутствие в кишечнике. Количество A. muciniphila, общего F. prausnitzii (число копий гена 16S рРНК) и двух его филогрупп определяли методом количественной полимеразной цепной реакции с использованием праймеров к специфическим участкам гена 16S рРНК в биоптатах толстой кишки, полученных от 17 здоровых лиц контрольной группы (H), 23 пациентов с язвенным колитом (UC) и 31 пациента с болезнью Крона (CD). Данные нормировали по общему числу копий бактериального гена 16S рРНК в том же образце. Анализы распространенности, относительного обилия и корреляций проводили с учетом типа заболевания и значимых клинических характеристик пациентов, включая локализацию воспалительного заболевания кишечника, возраст дебюта заболевания, поведение болезни Крона, текущую лекарственную терапию и активность заболевания. Совместная встречаемость обоих видов выявлена у 29% здоровых лиц, 65% пациентов с язвенным колитом и 29% пациентов с болезнью Крона. У пациентов с болезнью Крона по сравнению со здоровыми лицами обнаружены более низкие уровни общего F. prausnitzii и его филогрупп (P≤0.044). Напротив, различий в обилии A. muciniphila между состояниями заболевания не выявлено; однако у пациентов с болезнью Крона, у которых заболевание дебютировало до 16 лет, отмечалось выраженное снижение содержания этого вида. У пациентов с болезнью Крона наблюдалась корреляция между A. muciniphila и общим F. prausnitzii (ρ=0.362, P=0.045), особенно у лиц с нестенозирующим, непенетрирующим фенотипом заболевания и получавших умеренную иммуносупрессивную терапию. В целом исследование показало, что совместная встречаемость обоих видов различается в зависимости от статуса заболевания. Кроме того, воспалительные заболевания кишечника...