Метагеномное исследование микробиоты кишечника собак: особенности таксономического, метаболического и питательного профилей

Одомашнивание собак от волков является древнейшим известным примером продолжающегося отбора животных, в результате которого во всем мире было выведено более 300 пород собак. Для изучения таксономической и функциональной эволюции микробиоты кишечника собак применяли мультиомный подход к шести диким волкам и 169 образцам фекалий собак, представлявшим 51 породу и полностью охватывавшим известное на сегодняшний день генетическое разнообразие собак. В частности, профилирование генов 16S рРНК и внутреннего транскрибируемого спейсера (ITS) бифидобактерий использовали для реконструкции и последующего сравнения базовой микробиоты кишечника собак с таковой у волков и человека; результаты показали, что искусственный отбор и последующее совместное проживание собак с их владельцами повлияли на микробную популяцию кишечника собак посредством утраты и приобретения определенных бактериальных таксонов. Кроме того, сравнительный анализ кишечной бактериальной популяции собак, получавших рацион Bones and Raw Food (BARF) или коммерческий корм (CF), в сочетании с шотган-метагеномикой показал, что как бактериальный состав, так и метаболический репертуар микробиоты кишечника собак эволюционировали для адаптации к высокобелковому или высокоуглеводному питанию. В совокупности эти данные свидетельствуют о том, что искусственный отбор и одомашнивание повлияли не только на геном собак, но и существенно сформировали бактериальную популяцию, обитающую в кишечнике собак.