Молекулярное выявление и дифференциация генотипов изолятов коронавируса кошек в клинических образцах из Таиланда

Инфекция коронавирусом кошек (FCoV) проявляется широким спектром клинических симптомов — от легкой непатогенной кишечной инфекции до смертельного инфекционного перитонита кошек (FIP). На основании свойств in vitro и антигенного родства с коронавирусом собак (CCoV) FCoV подразделяют на типы I и II, имеющие различное географическое распространение. Для изучения распространенности инфекции FCoV среди популяций кошек в Таиланде в 2010–2011 годах клинические образцы (103 образца биологических жидкостей от 95 кошек с клиническим подозрением на FIP и 17 образцов фекалий от 7 здоровых кошек, содержащихся группами, и 10 здоровых кошек, содержащихся поодиночке) исследовали путем амплификации гена 3′-нетранслируемой области (3′UTR). Среди них положительными оказались соответственно 46% (47/103), 100% (7/7) и 50% (5/10) образцов. Затем для дифференциации генотипов FCoV амплифицировали 3′-концевой участок гена S. Среди кошек с положительным результатом по 3′UTR преобладал генотип I, доля которого составляла 29–60%; на генотип II приходилось 15–29%, а на смешанные генотипы — 0–13%. Филогенетический анализ гена S показал, что вирусы FCoV типа I характеризовались большей генетической дивергенцией (80–100%), чем вирусы FCoV типа II (100%); согласно анализу 3′UTR, они были тесно связаны с изолятами из Малайзии и Тайваня. Таким образом, полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР) по 3′UTR может применяться для подтверждения инфекции FIP в сочетании с ОТ-ПЦР по гену S для дифференциации генотипа. Фекалии являются подходящим образцом для мониторинга носительства FCoV у здоровых кошек.