FIMO: поиск вхождений заданного мотива

Без метки: Мотив — это короткая последовательность ДНК или белка, которая вносит вклад в биологическую функцию последовательности, в которой он находится. За последние несколько десятилетий описано множество вычислительных методов для идентификации, характеристики и поиска по последовательностным мотивам. Важным для практически любого конвейера анализа последовательностей на основе мотивов является способность сканировать базу данных последовательностей на предмет вхождений заданного мотива, описанного матрицей позиционно-специфических частот. РЕЗУЛЬТАТЫ: Мы описываем Find Individual Motif Occurrences (FIMO) — программный инструмент для сканирования ДНК- или белковых последовательностей с мотивами, описанными позиционно-специфическими матрицами оценок. Программа вычисляет для каждой позиции в данной базе последовательностей логарифм отношения правдоподобий (log-likelihood ratio), использует общепринятые методы динамического программирования для преобразования этого счёта в P-значение, а затем применяет анализ с учётом уровня ложных открытий (false discovery rate) для оценки q-значения для каждой позиции в последовательности. FIMO выдаёт результаты в различных форматах, включая HTML, XML и несколько форматов Santa Cruz Genome Browser. Программа эффективна и позволяет сканировать ДНК-последовательности со скоростью 3.5 Мб/с на одном процессоре. ДОСТУПНОСТЬ И РЕАЛИЗАЦИЯ: FIMO является частью набора программ MEME Suite. Веб-сервер и исходный код доступны по адресу http://meme.sdsc.edu.