Механистическая модель адаптации Rothia mucilaginosa к персистенции в легких при муковисцидозе на основе генома, реконструированного из метагеномных данных

Нарушение мукоцилиарного клиренса у больных муковисцидозом (CF) позволяет оппортунистическим патогенам колонизировать легкие при CF. В настоящем исследовании показано, что Rothia mucilaginosa является распространенным оппортунистом при CF и присутствовала у 83% пациентов в нашей когорте, почти так же часто, как Pseudomonas aeruginosa (89%). Секвенирование микробных метагеномов легких выявило уникальные штаммы R. mucilaginosa у каждого пациента, что, вероятно, отражает эволюцию в легком. De novo сборка почти полного генома R. mucilaginosa (CF1E) выявила ряд потенциальных физиологических адаптаций к легким при CF, включая устойчивость к антибиотикам, использование внеклеточного лактата и модификацию системы рестрикции-модификации типа I. Прогнозируемые по метагеномам метаболические характеристики указывают на то, что R. mucilaginosa адаптировалась к жизни в микроаэрофильном слое поверхности слизи в легких при CF. Результаты также подчеркивают поразительное эволюционное и экологическое сходство многих патогенов при CF; дальнейшее изучение этих сходств может помочь в руководстве по уходу за пациентами и выбору лечения.