Микробиота дыхательных путей и численность патогенов у пациентов с муковисцидозом, стратифицированных по возрасту

Бактериальные сообщества дыхательных путей пациентов с муковисцидозом (МВ), как и сообщества в других экологических нишах, находятся под влиянием аутохтонных и аллохтонных факторов. Однако наши представления о микробной колонизации дыхательных путей у более молодых и более пожилых пациентов с МВ, а также о её связи с функцией лёгких остаются крайне ограниченными. С использованием филогенетического микрочипа мы исследовали микробиоту дыхательных путей пациентов с МВ разных возрастных групп — от младенцев (9 месяцев) до взрослых (72 года). В когорте клинически стабильных пациентов мы показали, что у более пожилых пациентов с МВ и худшей функцией лёгких сообщества дыхательных путей характеризуются большей неравномерностью и филогенетической кластеризацией по сравнению с более молодыми пациентами. При анализе продольных образцов, собранных у части этих пациентов, у более молодых пациентов наблюдалась начальная диверсификация бактериального сообщества, тогда как у более пожилых пациентов со временем происходила прогрессирующая утрата разнообразия. Мы подробно описали различия в профилях бактериальных сообществ, ассоциированных с молодыми и пожилыми пациентами с МВ, уделив особое внимание различиям между соответствующими «ранними» и «поздними» колонизаторами. Наконец, мы оценили влияние мутаций гена трансмембранного регулятора муковисцидоза (CFTR) на численность бактерий и выявили генотип-специфические сообщества, включавшие, среди прочих, представителей семейств Pseudomonadaceae, Xanthomonadaceae, Moraxellaceae и Enterobacteriaceae. Представленные данные расширяют представления о микробиоте дыхательных путей при МВ, включая процессы начальной диверсификации у более молодых пациентов и формирование специализированных сообществ патогенов, ассоциированных с нарушением функции лёгких у более пожилых пациентов.