Распад несвободы сцепления и структура гаплотипных блоков у свиней

Несвобода сцепления (LD) может дать представление о процессе одомашнивания и истории пород. Мы проанализировали степень LD, разбиение на гаплотипные блоки и разнообразие гаплотипов внутри блоков в нескольких породах свиней из Китая и Европы, а также у европейского диких кабанов. Всего было генотипировано 371 однонуклеотидный полиморфизм (SNP), расположенный в трех геномных регионах. Степень LD существенно различалась между европейскими и китайскими породами: в Европе LD простиралось до 2 cM, тогда как в Китае — до 0,05 cM. У европейских пород LD охватывало большие гаплотипные блоки до 400 kb, тогда как у китайских пород масштаб LD был меньше и обычно не превышал 10 kb. Европейский дикий кабан демонстрировал промежуточный уровень LD между китайскими и европейскими породами. В Европе степень LD также варьировала в зависимости от геномного региона. Китайские породы характеризовались более высоким разнообразием гаплотипов и разделяли высокие частоты общих гаплотипов с породами Large White, Landrace и Duroc. Степень LD различается между двумя центрами одомашнивания свиней и выше в Европе. Эти результаты могут быть объяснены двумя гипотезами: (1) у европейского предкового пула был более высокий уровень LD, или (2) современные программы селекции увеличили LD в Европе и вызвали региональные различия LD. Для пород Large White, Landrace и Duroc имеются свидетельства прежней интрогрессии из китайских пород.