AutoDock Vina 1.2.0: новые методы докинга, расширенное силовое поле и привязки Python

AutoDock Vina, пожалуй, является одной из самых быстрых и широко используемых программ с открытым исходным кодом для молекулярного докинга. Однако по сравнению с другими программами пакета AutoDock он не поддерживал моделирование таких специфических особенностей, как макроциклы или явные молекулы воды. В настоящей работе мы описываем реализацию этих возможностей в AutoDock Vina 1.2.0. Кроме того, AutoDock Vina 1.2.0 поддерживает функцию оценки (scoring function) AutoDock4.2, одновременный докинг нескольких лигандов и пакетный режим для докинга большого количества лигандов. Также мы реализовали привязки (bindings) для Python, чтобы упростить написание скриптов и разработку рабочих процессов докинга. Эта работа направлена на унификацию функций программ AutoDock4 и AutoDock Vina. Исходный код доступен по адресу https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-Vina