Колонизация кишечника доминирующими бактериями и риск бактериемии у пациентов, подвергающихся аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток

Введение: Бактериемия является частым осложнением аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток (allo-HSCT). Неясно, способствуют ли изменения кишечной микробиоты во время allo-HSCT развитию бактериемии. Мы исследовали микробиоту пациентов, подвергающихся allo-HSCT, и сопоставили изменения микробного состава с риском бактериемии. Методы: У 94 пациентов, подвергавшихся allo-HSCT, последовательно собирали образцы кала начиная с периода до трансплантации и до 35-го дня после нее. Кишечную микробиоту характеризовали методом пиросеквенирования 454 участка V1–V3 генов бактериальной 16S рибосомной РНК. Микробное разнообразие оценивали путем объединения последовательностей в операционные таксономические единицы и расчета индекса разнообразия Шеннона. Филогенетическую классификацию проводили с использованием классификатора Ribosomal Database Project. Оценивали связь микробиоты с клиническими предикторами и исходами. Результаты: Во время allo-HSCT у пациентов снижалось микробное разнообразие, при этом происходили выраженные сдвиги в составе бактериальных популяций кишечника. Часто наблюдалась кишечная доминация, определяемая как занимающая не менее 30% микробиоты доля одного преобладающего бактериального таксона. К часто выявляемым доминирующим микроорганизмам относились Enterococcus, Streptococcus и различные представители Proteobacteria. На фоне применения метронидазола доминирование энтерококков увеличивалось втрое, тогда как доминирование Proteobacteria при применении фторхинолонов снижалось в десять раз. В качестве предиктора исходов доминирование энтерококков увеличивало риск бактериемии, вызванной ванкомицинорезистентными Enterococcus, в девять раз, а доминирование протеобактерий — риск бактериемии, вызванной грамотрицательными палочками, в пять раз. Заключение: Во время allo-HSCT нарушаются разнообразие и стабильность кишечной флоры, что приводит к доминированию бактерий, ассоциированных с последующей бактериемией. Исследование микробиоты кала позволяет выявить пациентов с наиболее высоким риском инфекции кровотока во время allo-HSCT.