Circos: информационная эстетика сравнительной геномики

Мы создали инструмент визуализации под названием Circos, предназначенный для выявления и анализа сходств и различий, возникающих при сравнении геномов. Наш инструмент эффективно отображает вариативность структуры генома и, в целом, любые другие типы позиционных взаимосвязей между геномными интервалами. Такие данные регулярно получают с помощью выравнивания последовательностей, гибридизационных матриц, картирования генома и исследований генотипирования. Circos использует круговое расположение идеограммы для отображения взаимосвязей между парами позиций с помощью лент, кодирующих положение, размер и ориентацию связанных геномных элементов. Circos способен отображать данные в виде диаграмм рассеяния, линейных графиков и гистограмм, тепловых карт, тайлов, соединителей и текста. Растровые или векторные изображения можно создавать на основе входных данных в формате GFF и иерархических конфигурационных файлов, которые легко генерируются автоматизированными инструментами, что делает Circos пригодным для быстрого внедрения в конвейеры анализа и подготовки отчетов по данным.