Kraken: сверхбыстрая классификация метагеномных последовательностей с использованием точных выравниваний

Kraken — сверхбыстрая и высокоточная программа для присвоения таксономических меток метагеномным последовательностям ДНК. Предшествующие программы, разработанные для этой задачи, были относительно медленными и вычислительно затратными, что вынуждало исследователей использовать более быстрые программы для оценки обилия, классифицирующие лишь небольшие подмножества метагеномных данных. Используя точное выравнивание k-ммеров, Kraken достигает точности классификации, сопоставимой с самым быстрым вариантом BLAST. В самом быстром режиме Kraken классифицирует риды длиной 100 пар оснований со скоростью более 4,1 миллиона ридов в минуту — в 909 раз быстрее Megablast и в 11 раз быстрее программы оценки обилия MetaPhlAn. Kraken доступен по адресу http://ccb.jhu.edu/software/kraken/.