Анализ и визуализация количественных протеомных данных с использованием FragPipe-Analyst

Платформа вычислительной протеомики FragPipe приобретает широкую популярность в научном сообществе протеомиков благодаря высокой скорости обработки и удобному графическому интерфейсу. Несмотря на то, что FragPipe генерирует хорошо отформатированные таблицы вывода, готовые для анализа, сохраняется потребность в простом и удобном инструменте для последующего статистического анализа и визуализации. FragPipe-Analyst закрывает эту потребность, предоставляя веб‑сервер на основе R Shiny для помощи пользователям FragPipe при выполнении последующего анализа полученных количественных протеомных данных. Он поддерживает основные рабочие процессы квантирования, включая методу безметочного квантирования (label-free quantification), тандемные масс‑мечи (tandem mass tags, TMT) и приобретение с независимым от данных управлением (data-independent acquisition, DIA). FragPipe-Analyst предлагает ряд функциональных возможностей, таких как несколько вариантов иммутации пропущенных значений, контроль качества данных, неконтролируемая кластеризация, анализ дифференциальной экспрессии (DE) с использованием limma, а также анализ обогащения по аннотации геновой онтологии и путям с помощью Enrichr. Для поддержки продвинутого анализа и настраиваемой визуализации мы также разработали FragPipeAnalystR — пакет для R, включающий все функции FragPipe-Analyst и расширенный для поддержки позиционно‑специфического анализа пострадиционных модификаций (PTM). FragPipe-Analyst и FragPipeAnalystR являются проектами с открытым исходным кодом и доступны бесплатно.