Молекулярная идентификация бактерий, ассоциированных с бактериальным вагинозом

Введение: Бактериальный вагиноз поражает миллионы женщин и связан с несколькими серьезными состояниями здоровья. Причина бактериального вагиноза остается малоизученной, несмотря на многочисленные исследования, основанные на культуральных методах. Бактерии в микробных сообществах можно идентифицировать без культивирования путем характеристики последовательностей рибосомной ДНК (rDNA). Методы: Мы идентифицировали бактерии в образцах вагинальной жидкости с использованием комбинации широкодиапазонной полимеразной цепной реакции (ПЦР) с амплификацией 16S rDNA и анализом клонов, бактерие-специфических ПЦР-ассайнов 16S rDNA и флуоресцентной гибридизации in situ (FISH), выполненной непосредственно на вагинальной жидкости у 27 субъектов с бактериальным вагинозом и 46 без этого состояния. У 21 субъекта использовали широкодиапазонную ПЦР 16S rDNA, у 73 субъектов — бактерие-специфическую ПЦР. Результаты: У женщин без бактериального вагиноза в каждом образце обнаруживалось от 1 до 6 видов вагинальных бактерий (филотипов) (в среднем 3,3) при широкодиапазонной ПЦР 16S rDNA, при этом доминировали виды Lactobacillus (83–100% клонов). У женщин с бактериальным вагинозом наблюдалось большее разнообразие бактерий (P<0,001): в образце выявляли от 9 до 17 филотипов (в среднем 12,6), а вновь распознанные виды составляли 32–89% клонов в библиотеке образца (в среднем 58%). В группe с бактериальным вагинозом было обнаружено 35 уникальных бактериальных видов, включая несколько видов без близких культивируемых родственников. Бактерие-специфические ПЦР-ассайны показали, что несколько ранее неописанных бактерий имели высокую распространенность у субъектов с бактериальным вагинозом, но были редки у здоровых контролей. FISH подтвердил, что вновь распознанные бактерии, выявленные методом ПЦР, соответствовали определенным бактериальным морфотипам, видимым в вагинальной жидкости. Выводы: У женщин с бактериальным вагинозом выявлены сложные вагинальные инфекции с множеством вновь распознанных видов, включая три бактерии из порядка Clostridiales, которые были высокоспецифичны для бактериального вагиноза.