Сравнительная геномика Vibrio cholerae из Гаити, Азии и Африки

Холера отсутствовала на острове Эспаньола по меньшей мере в течение столетия, прежде чем осенью 2010 года на Гаити началась вспышка заболевания. Анализ клинических изолятов из очага на Гаити и из недавних случаев заболевания у путешественников, вернувшихся в США из разных стран мира, методом электрофореза в пульсирующем поле (PFGE) выявил неразличимые профили PFGE. Для более детального изучения генетического происхождения штамма, вызвавшего вспышку на Гаити, были получены полногеномные последовательности 23 изолятов Vibrio cholerae: 9 изолятов, выделенных на Гаити или в Доминиканской Республике, 12 изолятов из Азии или Африки, соответствовавших по профилю PFGE, и 2 несоответствующих изолята-выброса из Западного полушария. Филогенетический анализ полногеномных последовательностей и однонуклеотидных полиморфизмов основной части генома показал, что штамм, вызвавший вспышку на Гаити, генетически связан со штаммами, происходящими из Индии и Камеруна. Однако, поскольку среди секвенированных современных изолятов не было обнаружено полностью идентичного генетического соответствия, окончательное генетическое происхождение вспышки на Гаити остается предположительным.