Переоценка геномной эпидемиологии штаммов Vibrio cholerae с отличающимися фаговыми типами выявляет ограниченное пространственно-временное распространение во время эпидемии

Биотип El Tor Vibrio cholerae вызвал седьмую холерную пандемию (7CP). Хотя варианты V. cholerae этого биотипа часто возникают, исследования их микроэволюции и пространственно-временной передачи в эпидемиях, вызванных одним клоном, ограничены. Во время вспышки холеры в провинции Сычуань, Китай, в 1990-х годах были выявлены штаммы, относящиеся к фаговому типу 6 (PT6), но резистентные к тиражному фагу VP5 из‑за делеционной мутации в гене ompW, который ассоциирован с рецептором VP5. В настоящем исследовании мы проанализировали штаммы PT6 с помощью секвенирования геномов, чтобы выяснить геномные и трансмиссионные характеристики такого временного фагового типа в истории холерной эпидемии Китая. Результаты показали, что штаммы PT6 формировали независимый клон в течение четырехлетней эпидемии и возникли во второй волне. У большинства из них на хромосоме 2 (Chr. 2) имелись множественные копии генома CTXclassΦ, а на хромосоме 1 (Chr. 1) — по две копии RS1ET и RS1-4. Для этого клона выявлены частые межрегиональные передачи и локальные вспышки внутри провинции Сычуань, Китай. Под давлением инфекции VP5 наблюдалось разнообразие спонтанных мутаций в гене ompW, обеспечивающих резистентность к фагу VP5, что демонстрирует возникновение мутаций OmpW как адаптацию V. cholerae к фаговому давлению. Таким образом, это геномно-эпидемиологическое переосмысление штаммов с отличающимся фагорезистентным фенотипом выявляет их клональную генетическую структуру, расширяет наше понимание распространения V. cholerae посредством отслеживания их вариаций и способствует трассировке источников эпидемии и контролю заболеваний.