Gapped BLAST и PSI-BLAST: новое поколение программ для поиска по белковым базам данных

Программы BLAST широко используются для поиска сходств последовательностей в белковых и ДНК-базах данных. Для сравнений белков ряд определенческих, алгоритмических и статистических усовершенствований, описанных здесь, позволяет значительно сократить время выполнения программ BLAST при повышении их чувствительности к слабым сходствам. Новый критерий для инициирования расширения совпадений слов, в сочетании с новой эвристикой генерации выровненных участков с гэпами, обеспечивает версию gapped BLAST, работающую примерно в три раза быстрее оригинала. Кроме того, введен метод автоматического объединения статистически значимых выравниваний, полученных BLAST, в позиционно-специфичную матрицу оценок и поиска по базе данных с использованием этой матрицы. Полученная программа Position-Specific Iterated BLAST (PSI-BLAST) работает примерно с той же скоростью на итерацию, что и gapped BLAST, но во многих случаях значительно чувствительнее к слабым, но биологически значимым сходствам последовательностей. С помощью PSI-BLAST обнаружены несколько новых и интересных членов супсемейства BRCT.