Переосмысление определения микробиома: старые концепции и новые вызовы

За последние десятилетия исследование микробиомов быстро развивалось и стало предметом большого научного и общественного интереса. Вследствие этого быстрого роста интереса в разных областях отсутствует четко согласованное определение термина «микробиом». Более того, не выработан консенсус по лучшим практикам в исследовании микробиомов. Недавно группа международных экспертов обсудила текущие пробелы в рамках финансируемого ЕС проекта MicrobiomeSupport. На встрече присутствовали около 40 лидеров из разных областей микробиомных исследований, а более ста экспертов со всего мира приняли участие в онлайн-опросе, сопровождавшем семинар. В этой статье приведены результаты семинара и соответствующего онлайн-опроса, включенные в краткое историческое введение и перспективный обзор. Мы предлагаем определение микробиома, основанное на лаконичном, ясном и всестороннем описании, предложенном Whipps et al. в 1988 г., дополненное рядом новых рекомендаций с учетом последних технологических разработок и научных результатов. Мы явно разделяем термины «микробиом» и «микробиота» и даем всестороннее обсуждение состава микробиоты; неоднородности и динамики микробиомов во времени и пространстве; устойчивости и резильентности микробных сетей; определения «ядра» микробиомов и функционально значимых ключевых видов; а также коэволюционных принципов взаимодействий микроорганизмов с хозяином и межвидовых взаимодействий внутри микробиома. Эти широкие определения вместе с предложенными объединяющими концепциями помогут улучшить стандартизацию исследований микробиомов в будущем и могут стать отправной точкой для интегрированной оценки данных, что ускорит трансфер знаний от фундаментальной науки к практическому применению. Кроме того, стандарты для микробиомов важны для решения новых задач, связанных с антропогенными изменениями в области планетарного здоровья, где понимание микробиомов может играть ключевую роль. Видеоаннотация.