База данных транскриптома и вариантов сплайсинга, полученная методом RNA-секвенирования, для глии, нейронов и сосудистых клеток коры головного мозга

Основные классы клеток мозга различаются по своим процессам развития, метаболизму, сигнальной передаче и функциям. Для лучшего понимания функций и взаимодействий типов клеток, входящих в эти классы, мы остро очищали репрезентативные популяции нейронов, астроцитов, олигодендроцитных предшественников, недавно образовавшихся олигодендроцитов, миелинизирующих олигодендроцитов, микроглии, эндотелиальных клеток и перицитов из коры мозга мыши. Мы создали базу данных транскриптомов для этих восьми типов клеток с помощью RNA-секвенирования и использовали чувствительный алгоритм для обнаружения событий альтернативного сплайсинга в каждом типе клеток. Биоинформатический анализ выявил тысячи новых генов и сплайс-изоформ, обогащенных в определённых типах клеток, которые послужат новыми маркерами для идентификации клеток, инструментами для генетической модификации и дадут представления о биологии мозга. Например, наши данные дают подсказки о том, как нейроны и астроциты различаются в способности динамически регулировать гликолитический поток и образование лактата, что объясняется уникальным сплайсингом PKM2, гена, кодирующего гликолитический фермент пировиноградную киназу. Этот набор данных станет мощным новым ресурсом для понимания развития и функции мозга. Для обеспечения широкого распространения этих наборов данных мы создали удобный веб-сайт (http://web.stanford.edu/group/barres_lab/brain_rnaseq.html), который предоставляет платформу для анализа и сравнения профилей транскрипции и альтернативного сплайсинга для различных классов клеток мозга.